В трагическую ночь с 12 на 13 апреля 1204 года, когда император Алексей Мурзуфл бежал из Константинополя, ромейская знать и духовенство провозгласили новым базилевсом видного аристократа Константина Ласкариса. Он был немедленно венчан на царство в св. Софии. Новый базилевс предпринял последнюю попытку организовать оборону столицы. Но, убедившись в полной бессмысленности этого, бежал со своим окружением в Малую Азию. Вскоре в одном из сражений с латинскими рыцарями Константин Ласкарис погиб. Но преемником стал его брат Феодор. В свое время он был видным вельможей при дворе Алексея III Ангела, был женат на его второй дочери Анне и прославился как военачальник.
Сначала Ласкарисы были приняты в Малой Азии с недоверием, ибо принадлежали ко двору непопулярных там Ангелов. Никея отказывалась впустить их внутрь своих могучих стен. С большим трудом Феодору Ласкарису удалось убедить никейцев предоставить убежище его семье, сподвижникам и дружине. Опираясь на города Никею и Бруссу, Феодор начал подчинять соседние земли. Как энергичный правитель, он активно восстанавливал государственную систему и налаживал оборону границ новой империи. Вскоре авторитет никейского правителя признал вселенский православный патриарх Михаил IV Авториан. На Пасху 1208 года он венчал и помазал на царство Феодора I Ласкариса как «императора ромеев» (1208-1222 гг.).
Никейская империя, окруженная с запада и с востока врагами, быстро набирала силы. Она унаследовала наиболее богатые и плодородные районы Малой Азии. Здесь же на восточных границах империи ромеев были сосредоточены мощная пограничная оборонительная система и большие военные силы. Все это создавалось еще Комнинами. Основную часть сельского населения здесь составляли свободные земледельцы, служившие в войске. Стратиоты (конные воины) сами обеспечивали себя всем необходимым для жизни и службы. Границы государства защищали акриты — свободные военные поселенцы, служившие в пешем ополчении. Акриты владели большими земельными наделами, пастбищами, не платили налогов, получали жалованье. Они хорошо знали местность и успешно обороняли ее от нападений. Стратиоты и акриты являлись многочисленными военно-земледельческими сословиями. Они были заинтересованы в обороне государства и военной службе. Наиболее доблестные и опытные стратиоты и акриты получали поместья (пронии) от императора и становились представителями служилого военно-феодального сословия. Они полностью зависели от власти государя. Крепостных и полузависимых земледельцев — париков в Никейской империи было немного. Они жили, как правило, во владениях крупных феодалов. Но права и владения знати императоры Никеи постоянно ограничивали и держали под контролем. Значительную роль в жизни нового государства играли многочисленные императорские (домениальные) поместья и вотчины. В Никейской империи активно развивались торговля и ремесло. Но товаров ремесленного производства не хватало. Чтобы увеличить их количество и способствовать развитию торговли, Никея в 1219 г. предоставила венецианским купцам право беспошлинной торговли в империи. Этим она лишила латинян своего бывшего союзника. Население городов империи было немногочисленным. Но во многих городах и крепостях Малой Азии сохранялись военные гарнизоны, состоявшие из греков и наемников — иноземцев. В 20-е годы XIII века Никея овладела малоазийским побережьем Эгейского моря, построила свой военный и торговый флот. После смерти Феодора Ласкариса к власти пришел его зять Иоанн III Дука Ватац (1222-1254). Это был талантливый политик и государь, продолживший дело своего предшественника.
Главные успехи Никейской империи достигнуты в его правление. Подавив сопротивление феодальной оппозиции, он ещё шире, чем предшественник, практиковал пожалования земель фиска в пожизненные пронии на условиях обязательного несения получателем воинской службы, организовал умелое хозяйство в императорских поместьях на государственной земле. Государство проводило политику поощрения ремесла и торговли, построило небольшой флот, предоставляло монастырям налоговые привилегии.
Опираясь на свободное крестьянство, прониаров, акритов, западно-европейских наёмников, половцев, поселённых на землях империи, Иоанн III перешёл в решительное наступление на Латинскую империю (этому способствовали возросшие доходы казны) и к 1225 году освободил почти всю Малую Азию. Воспользовавшись поражением Эпира от Болгарии в битве при Клокотнице в 1230 году, он захватил обширные области Фракии и Македонии, в 1246 году без боя вошёл в Фессалоники.
К 1254 году границы Никейской империи на Балканах достигли Адриатики - после побед над эпирским правителем Михаилом II Ангелом и сдачи городов Воден, Кастория и Девол. Иоанн III овладел Лесбосом, Хиосом и др. островами Эгеиды. Желая обезопасить свои владения, уже окружавшие Константинополь, Иоанн III в 1253-1254 годы вёл переговоры с папой Иннокентием IV об унии. После смерти Иоанна III его преемник Феодор II Ласкарис решительно изменил курс, отказавшись от сближения с католич. Церковью. Феодор II усилил борьбу с динатами, отменил мн. фискальные привилегии и подавлял проявления сепаратизма. Это привело к сплочению недовольных динатов, и после смерти Феодора II престол в Никейской империи захватил их представитель, опекун его 8-летнего сына Иоанна IV Ласкариса - великий дука Михаил Палеолог. Он короновался в начале 1259 года (Михаил VIII Палеолог) в Нимфее, ослепил и отстранил малолетнего Иоанна IV Ласкариса от престола. Оппозиция, во главе с патриархом Арсением, была подавлена, а сам архипастырь оставил патриарший престол. Михаил VIII Палеолог возвратил динатам утраченные привилегии.
К этому времени на Балканах возник антиникейский союз, в который входили правитель Эпира Михаил II Ангел Дука Комнин, морейский князь Гийом II Виллардуэн, император Латинской империи Балдуин II и сицилийский король Манфред. В 1259 году никейские войска в битве при Пелагонии нанесли союзникам решительное поражение. Гийом II Виллардуэн и известные французские рыцари, участвовавшие в битве, были взяты в плен. В марте 1261 года Михаил VIII заключил союзный договор с Генуей, обещавшей послать на помощь флот против венецианцев (основной морской силы Латинской империи) в обмен на привилегии беспошлинной торговли в империи. Помощь не понадобилась. В ночь с 24 на 25 июля 1261 года никейский полководец Алексей Стратигопул без боя вошёл в Константинополь при поддержке греческого населения, открывшего ему ворота. Латиняне бежали из города. 15 августа Михаил VIII торжественно вступил в Константинополь, восстановив Византийскую империю.
Культура Никейской империи явилась прямым продолжением культуры Византии. Ласкарисы основывали школы и скриптории, были адептами и защитниками эллинской культуры. При дворе никейских императоров трудились выходцы из Константинополя, выдающиеся писатели и учёные, среди них - Никита Хониат, Николай Месарит, затем - энциклопедист, богослов и философ Никифор Влеммид, историк, дипломат и придворный Георгий Акрополит. Покровителем наук и искусств был Иоанн III. Видным эрудитом и высокообразованным писателем являлся Феодор II Ласкарис, вокруг которого сложился кружок греческих интеллектуалов.