В начале серии и тем самым как вступление в Наруто Шиппууден показывается часть поздней серии. Наруто, Сакура, Сай и Ямато бегают по убежищу Орочимару в поисках Саске. После большого взрыва, который проделал дыру на поверхность, видно Саске, как он смотрит вниз на Сая, остальные подбегают к ним и Сакура вторая кто видит его. Вскоре после появления Наруто начинается маленький диалог между ним и Саске. Позже видно как Саске пытается вонзить свой меч Кусанаги в спину Наруто.
В разговоре между Наруто и Кьюби, девятихвостый призывает Наруто снять печать, которая держит его в теле Наруто, что бы победить Саске. После этого внутри Наруто появляется Саске и усмиряет девятихвостого. Но незадолго до этого он предупреждает Учиху не убивать Наруто, так как это была бы его самая большая ошибка.
Теперь начинается история в Конохе: Видно Конохамару, Моеги и Удона, как они выполняют ту же миссию что и команда 7 в самом начале сериала: найти и поймать одну и ту же сбежавшую кошку Тору. После некоторых трудностей этим троим удается поймать сбежавшую кошку. Конохамару ведет себя как Наруто и требует задания по сложнее от нынешнего Хокаге Цунаде. Переход к возвращению Наруто осуществляется заявлением Конохамару о том, что он станет седьмым, а Наруто определенно шестым Хокаге.
После этого видны Джирайя и Наруто, как они возвращаются в Конохагакуре из их долгого путешествия.
Там они встречают Сакуру, Конохамару и его друзей. С начала Сакура любуется тем, что Наруто стал таким большим и взрослым, до тех пор пока она не замечает, что внутри он не изменился и всё еще ребячливый. Когда он хочет показать свою новую технику обольщения, Сакура начинает злиться и избивает его.
Сакура, Наруто и Джирая направляются к Тсунаде, которая хочет опробовать способности обоих подростков, что бы установить их пригодность к предстоящим миссиям. Их противник в этом тесте Какаши, у которого они должны отобрать два колокольчика.