В 1997-2008 годах клуб выступал под названием Эра (Тосно). До 2013 года команда выступала в турнирах ленинградской области под названием - Руан. В сезоне 14/15 ФК Тосно завоевала бронзовые медали ФНЛ. 15/16 Тосно за три тура до конца ФНЛ сумели достать путёвку в премьер-лигу. В сезоне 17/18 Тосно в полуфинале кубка страны обыгрывает московский спартак, позже в финале одолевает курский Авангард и становится победителем кубка страны по футбоу, однако путёвку в еврокубки команда так и не получила, из-за того что не смогла во время подать заявку на получение лицензии. Вместо Тосно, путёвку в еврокубки получил ФК УФА, который по итогу сезона стал 6. Было время в клубе светились такие игроки: Антон Заболотный, Павел Погребняк, Евгений Марков, Евгений Чернов, Георгий Мелкадзе, Виталий Шахов и т.д
30 мая клубу было отказано получение лицензии на выступление в первенстве ФНЛ.
9 июня 2018 года, Максим Левченко, управляющий партнёр Fort Group, объявил, что ФК Тосно прекращает существование.
Однако в чемпионате ленинградской области продолжила играть команда Атлант-Тосно.
