После ареста Новикова было изъято множество литературы в том числе и религиозного характера. Граф Брюс не стал особо вникать смыл и тематику книг, обнаруженных у Новикова, а вот митрополит Платон уделил этому гораздо больше внимания. Для проведения масштабной проверки были привлечены архимандрит Серапион (Машкин) и проповедник Московского университета игумен Даниил. Вся проверка велась в обход всех существовавших цензурных законов. Из этого можно сделать вывод, что на тот момент существовал специальный, временно-созданный цензуральный штаб. Но, как митрополит Платон относился к масонским собраниям и ложам!?
Во время образования различных масонских систем в Европе, некоторые были перенесены в Россию. Орден злато-розового креста оказал очень большую роль на становление розенкрейцерства в России. Центром деятельности ордена являлась Москва, а точнее епархия митрополита Платона. В режим деятельности ордена активно включались и православные священники. В чем было удобство священников? В активной пропаганде! Существовали некоторые обряды, в которых участие священников было необходимо. Митрополит Платон, видел свою цель, в модернизации деятельности русских пастырей, а также поднятии престижа православной церкви. Основываясь на философских идеях Европы, митрополит полагал их на основу воспитания будущих пастырей.
В 1779 году в Москве сложился кружок, куда входили масоны И.Г.Шварц, Н.И.Новиков, Н.Н.Трубецкой, Ю.Н.Трубецкой, М.М.Херасков, А.А.Черкасский. Эти лица, стали основателями ложи «Гармония», на основе которой, было основано множество научных обществ. Митрополит Платон поддерживал деятельность Н.И. Новикова и И.Г.Шварца, направляя семинаристов на обучение в разные переводческие семинарии. Воспитанники переводческой семинарии активно использовались для перевода литературы Н.И. Новикова, а также и масонских сочинений. В некоторых обществах, учредивших Педагогическую и Филологическую семинарии, сосредоточением практической деятельности московских мартинистов (розенкрейцеров), четко прослеживается масонское обучение.
Студенты слушали курсы лекции философии, истории, а также всегда привлекались к переводу масонских книг. Исследователи считают, что это подобное обучения являлось подготовительным этапом для последующего вступления в масонство. Некоторые студенты принимались в ложу еще в период обучения. Но эти люди, как правило, еще до обучения проходили практику в масонских ложах. Подобные случаи были зафиксированы. Три семинариста-П.А.Сохатский, М.И. Десницкий, и Д.И. Дмитриевский были приняты в ложу злато-розового креста.
Митрополит Платон относился к масонам далеко не однозначно. Митрополит хоть и не соглашался с некоторыми взглядами масонских кружков и некоторых их идей, но довольно благосклонное относился к деятельности кружка Новикова и давал свое благословение на открытие «Дружеского общества». Подтверждение тому, можно найти в рапорте митрополита Платона императрице Екатерине II, данный Владыкой, после допроса Новикова на "Соискание в нем раскольничьих взглядов". Митрополит Платон очень тепло отозвался о Новикове, и назвал его истинным христианином. Было запрещено лишь шесть книг Новикова среди сотен проверенных. Можно увидеть, особенное отношение митрополита именно к Новиковскому кружку. Такое отношение можно определить некоторыми факторами. Розенкрейцеры имели очень характерную отличительную черты:
- Это были подлинные христиане, принимающие учение Православной церкви.
- Причащались святых Тайн.
- Влекли за собой необычный образ жизни сходный с монашеским (это и в большей степени импонировало митрополиту Платону) .
О внутренней трактовке и особенностях религиозны взглядов масонов он не знал. Есть предположение, что на «Новиковских масонов» митрополит Платон смотрел, как на людей, вставших на путь исправления. Из этого можно сделать вывод, что митрополит Платон, близко знакомый с новиковским кружком, просто хотел защитить и оградить их от неправедного гнева императрицы. Однако существует и другая сторона вопроса, в которой митрополит боялся открыто выступать против братства. Есть предположение, что вместе с рапортом о допросе Новикова, митрополит отправил Екатерине II материалы, в которых обличал масонов.
Не случайно митрополит Платон не решился публично осудить розенкрейцеров и даже защищал Н.И. Новикова. Розенкрейцерам удалось вернуть некоторых представителей российского привилегированного общества в лоно религии. Люди которые молятся, посещают церковь, соблюдают посты и читают духовную литературу в высшем обществе, больше не считаются фанатиками и ретроградами. Лекции И.Г. Шварца показали, что наука и религия полностью совместимы и не противоречат друг другу.
- Розенкрейцеры смогли дать новое направление безопасности правительства для масонских лож (но далеко не всех). Все это не было скрыто от внимания духовных и светских властей. Неудивительно, что ряд духовенства, члены Священного Синода и главный прокурор были членами Ордена.