И тут к чудесной парочке обратился небезызвестный Шан Цун. Победив 400 лет назад Великого Кун Лао, колдун (по привычке видимо) впитал в себя душу монаха, а вместе с ней и секрет древней карты, на которой был отмечен путь к Храму амулета. Шан Цун предложил обменять эти знания на помощь в воскрешении королевы Внешнего мира Синдел (Sindel).
Узнав местоположение амулета, Куан Чи, не будь дурак, не стал отправляться за ним сам, а решил найти того, кто сможет его достать. Выбор пал на молодого воина Лин Куэй, носящего имя Саб–Зиро и умеющего искусно управлять льдом, а также ниндзя из клана Cираи Рю Хандзо Хасаши aka Скопион . Соперники не знали друг о друге -— в схватке, которая произошла в момент их встречи, победил Саб–Зиро, и он же доставил Куан Чи карту, а затем и вожделенный амулет.
Впоследствии, после того как Саб–Зиро пообщается с Рейденом, он осознает свою ошибку и обратно выкрадет амулет у Шиннока... Впрочем, реликвия впоследствии окажется поддельной — коварный Куан Чи в очередной раз обманет всех и оставит настоящий артефакт себе.
Эти события освещаются в побочной игре серии Mortal Kombat Mythologies: Sub–Zero , в то время как в Mortal Kombat 4 сюжет вращается как раз вокруг последствий освобождения Шиннока.
Вырвавшийся из Нижнего мира бог при поддержке Куан Чи уничтожил почти всех Старших богов, однако оставшиеся в живых Рейден, Фуджин (Fujin) и их последователи нашли в себе силы противостоять захватчикам и победить.
И вновь силы тьмы терпят поражение. Куан Чи вынужден скрыться в Нижнем мире, так как по его следу идет Скорпион — ниндзя, чей клан погиб от рук колдуна. Спасаясь бегством, некромант случайно обнаруживает тайную гробницу, в которой находится множество мумифицированных тел — армия короля Драконов Онаги, первого императора Внешнего мира, свергнутого Шао Каном. Эти воины были бессмертны и непобедимы, и Куан Чи решил найти возможность воскресить их и подчинить своей воле. Для достижения этой цели он заручился поддержкой небезызвестного Шан Цуна, пообещав тому вечную жизнь. Так появился Смертоносный Союз (Deadly Alliance).
ишь двое могли помешать их планам — император Шао Кан и чемпион Земли Лю Кан. Предательски убив первого, союзники отправились на Землю, где сразились с Лю Каном. В жестоком и кровопролитном сражении воин Земли также потерпел поражение и был повержен... Более ничего не отделяло Куан Чи и Шан Цуна от их цели — вернувшись во Внешний мир они использовали души побежденных противников, чтобы вернуть к жизни непобедимую армию Короля Драконов. Казалось, Внешний мир и Земля обречены...
В этой фактически безвыходной ситуации в события вновь вмешался бог грома Рейден. Он отказался от своей силы и статуса Старшего бога и отправился на Землю, чтобы возглавить оставшихся в живых защитников планеты и повести их на битву со Смертоносным Союзом. Однако для Земли явно наступила череда неудач — Лю Кан был убит, Китана (Kitana), Кун Лао, Джакс (Jax), Соня Блейд и Джонни Кейдж проиграли таркатанским воинам, способности Фрост вышли из–под контроля, а Саб–Зиро оказался потерян во Внешнем мире. И тогда, вопреки воле Старших богов, Рейден сам вызвал Шан Цуна и Куан Чи на смертельную битву.
Схватка была долгой и жестокой, и какое-то время защитник Земли, казалось, был ближе к победе... Однако против объединенной силы колдунов не смог выстоять даже бог — Рейден оказался повержен.
Впрочем достигнув желанной победы, Куан Чи и Шан Цун обратили свое оружие друг против друга — Смертоносный Союз распался. Хотя некромант и в этот раз одержал верх, его триумф был недолгим. Произошедшее нарушило баланс в мире, и пробудило к жизни еще одну древнюю силу — первого императора Внешнего мира Онагу (Onaga).
Король Драконов задумал вновь объединить шесть существующих миров в Единую Сущность (The One Being), что означало неминуемую гибель всего живого. Однако для этого ему нужно было разыскать шесть артефактов — Камидогу. Дух Онаги явился воину по имени Сюдзинко (Shujinko). Якобы от имени Старших богов Король Драконов дал ему задание — собрать все шесть Камидогу. К сожалению, Сюдзинко слишком поздно осознал, что его обманули. Камидогу объдинились, последнее из существующих драконьих яиц раскололось, и душа Онаги вселилась в тело Рептилии. Король Драконов вернулся.
Перед ликом самого страшного зла, даже старые враги были вынуждены объединиться. Шан Цун, Куан и Рейден вступили в схватку, используя все свои силы и могущество…
Но всего этого оказалось недостаточно, чтобы победить Короля Драконов. Союзники поневоле потерпели поражение, а у Онаги оказались ключи к господству над всеми мирами. Но нашелся еще один герой, способный противостоять злу. Признавший свою фатальную ошибку, Сюдзинко отправился в путешествие по всем известным мирам, пытаясь собрать выживших воителей, которые могли бы противостоять Онаге. Уникальная способность Сюдзинко впитывать умения других бойцов, помогла ему на равных сражаться с Королем Драконов и даже победить. Однако перед последним ударом душа Короля Драконов покинула тело Рептилии и скрылась в Нижнем мире.
Наступило затишье перед бурей, но часы Армагеддона уже были запущены, и ничто не могло спасти вселенную от разрушения. Пророчество эденийской волшебницы Делии (Delia) начало сбываться. Тысячи лет ее сыновья Тайвен (Taven) и Даэгон (Daegon) спали под защитой драконови огненного духа Блейза (Blaze), чтобы в решающий момент пробудиться и удержать Вселенную от гибели. Но единожды предначертанное не так легко изменить. Вернувшийся к жизни раньше своего брата, Даэгон подпал под влияние Шиннока и перешел на темную сторону силы…
Mortal Kombat: Armageddon не имеет единой концовки — для каждого из 62 персонажей конец света происходит по-своему. Например, Рейден заключает соглашение с Шао Каном, по которому Император обещает оставить Землю в покое, если бог грома уничтожит Тайвена. Во время этого боя Онага (Onaga), Шан Цун, Куан Чи и Шао Кан успевают через портал в Эдению. В итоге Тайвен одерживает победу, однако время оказывается упущено. По истории Шао Кана Император в этот момент вступает в финальную схватку с огненным духом Блейзом и одерживает победу. После этого все миры сливаются в один, правителем которого и становится Шао Кан.
Однако еще одна победоносная битва ждет Императора впереди — битва против Рейдена. Впрочем, перед окончательной смертью бог грома успевает спутать все планы Шао Кана. Он отправляет ментальное сообщение самому себе в прошлое, во времена одиннадцатого турнира «Смертельная битва», в котором должен принять участие юный шаолиньский монах Лю Кан...