Сам он в зал судебного заседания прийти не смог. Тело Валерия Пшеничного найдут через месяц после задержания в камере СИЗО со следами пыток и изнасилования. СК назовет 40 ссадин и колото-резаных ран, 19 меток от ударов током и следы семенной жидкости неизвестного мужчины на теле Пшеничного самоубийством. Перед смертью Пшеничный смог передать жене Наталье записку: «Никому ничего не плати, вообще ничего. Только по подписи».
По версии следствия Валерий Пшеничный, его сын Денис и инженер завода «Адмиралтейские верфи» похитили не менее 368 млн. руб. при выполнении контракта Минобороны. Сын Пшеничного (получил во Франции политическое убежище) говорит, что, наоборот, отец сэкономил оборонному бюджету 500 млн. руб, а само дело сфальсифицировано.
Компания Пшеничного, которого называли «русским Илоном Маском», по заказу «Адмиралтейского верфи» разрабатывала 3D-модели подводных лодок «Варшавянка», с помощью которых можно дистанционно управлять ремонтом кораблей. Похожего проекта раньше не было ни в России, ни в мире. Разработку убитого изобретателя Минобороны использует до сих пор.