По закону акты и счета можно оформлять как в бумажном, так и в электронном виде. Но есть тонкость: файл на компьютере считается электронным документом, только если он подписан электронными подписями, а еще у вас с контрагентом заключено специальное соглашение.
Если вы подписали документы ручкой и обменялись с контрагентом сканами файлов, не подписав соглашения — налоговая может не принять такой