Британцы сумели деблокировать город Кимберли (15 февраля), затем, 1 марта 1900 года - Ледисмит, а 17 мая была сната осада Мафекинга.
13 марта 1900 года они перешли в активное наступление и заняли столицу Оранжевой республики Блумфонтейн, а 5 июня 1900 года — столицу Трансвааля Преторию. К сентябрю 1900 г. регулярная война прекратилась.
После разгрома основных подразделений бурского ополчения и перенесения войны в бурские республики, война переходит в партизанскую фазу, которая продлится два года. Рейды бурских партизан причиняли британцам значительные потери. Тактическое превосходство благодаря хорошему знанию местности и лучшей индивидуальной подготовке бойцов оставалось у буров вплоть до конца войны, но это не могло компенсировать подавляющее превосходство англичан в людях и вооружении. Кроме того, британцы использовали множество ноу-хау, среди которых печально известные концентрационные лагеря, которые, правда, ранее уже использовались испанцами во время войны на Кубе.
В них сгонялось гражданское население, чьи фермы британцами сжигались, а скот и посевы уничтожались. По иронии, эти лагеря назывались refugee camps — лагеря для беженцев. Затем в них стали отправлять те семьи, что помогали бурскому сопротивлению продовольствием, медикаментами и т.п. Всего в концлагерях было собрано около 200 тысяч человек — примерно 120 тысяч буров и 80 тысяч черных африканцев, для которых были созданы отдельные лагеря.
Во всех без исключения лагерях царили антисанитарные условия, питание узникам поставлялось нерегулярно, около четверти обитателей этих лагерей погибло, из них подавляющее большинство — женщины и дети. Мужчин англичане отправляли в заключение в другие колонии: в Индию, на Цейлон и т.п.
Другим элементом контр-партизанской войны стало широкомасштабное использование блокгаузов. Буры, используя классическую партизанскую тактику, совершали глубокие рейды в тыл врага, разрушали коммуникации, проводили диверсии, нападали на гарнизоны, уничтожали небольшие отряды британцев и безнаказанно уходили.
Для противодействия такой активности было решено покрыть территорию бурских государств целой сетью блокгаузов. Блокгауз — это небольшой укрепленный пункт, задействованный в прикрытии наиболее важных направлений или объектов.
Бурский генерал Христиан Девет так описывал это новшество: «Многие из них были сложены из камня, имели обыкновенно круглую форму, иногда же четырехугольную и даже многогранную. В стенах были сделаны отверстия для стрельбы в расстоянии шести футов одно от другого и четырех футов от земли. Крыша была железная».
Всего было построено около восьми тысяч блокгаузов. Британцы начали использовать телефонную связь на фронте, и многие блокгаузы снабжались телефонами на случай нападения коммандос. При обрыве телефонных проводов персонал блокгауза сообщал о нападении с помощью сигнальной ракеты.
Свою роль в победе над бурскими партизанами, активно атакующими британские пути сообщения, сыграло использование бронепоездов. Эти «блокгаузы на колесах» состояли из вагонов двух типов — открытых без крыш и с крышами. Использовались также обычные вагоны с бортами, которые изготовляли из стальных листов с амбразурами.
Укрытие паровозов делали двух типов — либо из стальных канатов, либо из стальных же листов. Обычно бронепоезд состоял из трех-четырех вагонов. Боевая рубка командира бронепоезда размешалась в тендере паровоза. Для маскировки такой поезд раскрашивали под цвет местности. Очень важно было обеспечить осмотр местности с бронепоезда. Для этого использовали специальные наблюдательные вышки или даже воздушные шары. Воздушный шар крепили к поезду тросом, который наматывался на вал лебедки.
