Село Бортниково имеет древнюю историю, и церковь в нем стояла издавна.
В XVII в. селом владел боярин Михаил Борисович Шеин, которого можно назвать одним из спасителей России в Смуту. В 1605 г. он был воеводой в Новгороде-Северском и единственный в округе сохранил верность царю. В 1609—1611 гг. как воевода Смоленска возглавлял оборону города и не пустил армию польского короля Сигизмунда к Москве. После взятия города, раненый, он попал в плен, претерпел пытки. В Россию вернулся только в 1619 г.
В благодарность Богу за избавление от плена Михаил Борисович в 1620 г. воздвиг церковь в честь Преображения Господня.
В 1730-х гг. Бортниково — часть обширных владений графов Скавронских, родственников императрицы Екатерины I. Искренне принявший Православие Карл Самойлович в 1735 г. пристроил к деревянной Преображенской церкви приделы в честь Покрова Божией Матери и во имя мученика Харлампия.
Село перешло к его сыну, графу Мартыну Карловичу Скавронскому — генерал-аншефу, обер-гофмейстеру двора, кавалеру высшего российского ордена святого апостола Андрея Первозванного. Его супруга Мария Николаевна (урожденная Строганова) перенесла церковь из-за речки Язвины в сельцо Бортниково.
Существующая сейчас в селе каменная церковь в честь Преображения Господня построена по проекту, созданному в 1879 г. архитектором В.О.Грудзиным. Строительство закончено в 1895 г
Диакон церкви села Бортниково Николай Александрович Вознесенский был арестован и 26 февраля 1938 г. расстрелян. Храм закрыли и частично разрушили.
В 1992 г. здание передано общине верующих.
C 1996 г. храм восстанавливается.