Царствование императора Александра Второго ознаменовалось присоединением к России Средней Азии. При этом особенности новых территорий зачастую влияли на принимаемые политические решения. Так, решено было сохранить в статусе вассальных государств Бухарский эмират и Хивинское ханство, которым суждено было ненадолго пережить саму Российскую империю.
Последний Бухарский эмир родился в 1880 году, не застал независимой Бухары и в 13-летнем возрасте был отправлен отцом в Петербург, где поступил в Николаевский кадетский корпус. Службу Сеид Алим проходил по Терскому казачьему войску, в котором к 1909 году дослужился до чина полковника, как и император Николай Второй. За годы учебы в Петербурге Сеид Алим не только в совершенстве овладел русским, но и обзавелся полезными знакомствами среди элиты российского общества. По возвращению из России он последовательно возглавлял две самые большие и важные провинции эмирата, чтобы освоить навыки государственного управления.
В декабре 1910 года умирает отец - эмир Сеид Абдулахад-хан, и после месячного траура Сеид Алим-хан получает от императора Николая Второго титул Его Высочества и официальные поздравления в связи с восшествием на престол.
Еще со времен учебы в Петербурге между эмиром и императором Николаем Вторым завязалась дружба. Сеид Алим-хан и после воцарения был частым гостем в России.
По воспоминаниям современников, комично выглядели официальные встречи эмира с императорской семьей: соблюдая протокол, бухарский правитель говорил по-персидски (официальный язык эмирата), а императрица Александра Федоровна улыбалась, зная, что эмир свободно владеет русским языком... И только за рамками протокола эмир мог расслабиться и чувствовать себя как дома.
За время своего правления эмир обзавелся домами в Петербурге, Железноводске и Крыму. К 300-летнему юбилею царствования Дома Романовых Сеид Алим-хан сделал поистине царский подарок мусульманам Петербурга - 22 февраля 1913 года торжественно открылась Голубая мечеть в центре Северной столицы.
Внутри Бухарского эмирата российское влияние с каждым годом усиливалось. Перевооружением армии занимались русские военные советники, российские деловые круги курировали зачатки бухарской промышленности. За активную пророссийскую политику в 1911 году эмир был произведен в генерал-майоры, а в 1915 - в генерал-лейтенанты и генерал-адъютанты Свиты Его Величества с оставлением в Терском казачьем войске.
Эмир и сам был неплохим предпринимателем: его операции по торговле каракулем принесли ему к 1917 году 34 млн. руб. золотом, хранившихся в российских банках. После падения Империи, уже летом 1917 года эмир перевел в зарубежные банки более 180 млн. рублей.
Но сама Бухара оставалась аграрной страной с сильными исламскими традициями и нищим населением. В стране действовали законы шариата. Те, кто требовал обновления и перемен (а были и такие), надолго оказывались в бухарском зиндане. Поэтому семена большевизма, завезенные из России, упали на очень благодатную почву.
После октябрьского переворота в России в Бухару хлынул поток русских офицеров, но попытка использовать их опыт для ускоренного переформирования бухарской армии к успеху не привела. Светское окружение эмира советовало пойти хоть на какие-то уступки, чтобы удержать власть. Но духовенство Бухары имело на Сеид Алим-хана решающее влияние. На нараставшее в обществе брожение эмир отвечал лишь нарастанием репрессий. Тяжело пережив известие о гибели Царской Семьи, он уже не питал иллюзий относительно будущего Средней Азии. В конце августа 1920 года Красная армия под командованием Фрунзе начала обстрел и бомбардировку Бухары. Эмиру пришлось эвакуироваться в такой спешке, что в неразберихе во дворце забыли трех из его сыновей, которые попали в руки к большевикам и были обречены на самую грустную судьбу.
Сеид Алим-хан сначала пытался закрепиться в горах на востоке эмирата и отбить у большевиков Бухару, но в итоге оказался в изгнании в Афганистане. Пытался продолжить торговлю каракулем и на эти деньги вооружать силы сопротивления в Бухаре. Но дела шли все хуже и хуже.
Последний эмир Бухарский под конец жизни почти совершенно ослеп, но продолжал писать стихи на персидском. Умер он в мае 1944 года, завещав написать на своей могиле: "Эмир без родины жалок и ничтожен. Нищий, умерший на родине, - воистину эмир!"