8 февраля в 1904 году, когда Япония без объявления войны напала на русский флот в Порт-Артуре и в Чемульпо (Корея), то тогда началась русско-японская война. Это было «нравственным испытанием для новорожденной Японской Церкви». Всем русскому посольству в Японии было приказано предписание срочно оставить Японию. Епископу Николаю тоже предложили отплыть, но он отказался, так как паства решила, чтобы он продолжал управлять Японской Православной Церкви. В свою очередь епископ Николай обратился к своей пастве, что верующие японцы должны молиться о победе своего императора, а он сам будет молиться о своем Отечестве, а также за свою Японскую Православную Церковью. Доктор Церковной истории протоиерей Владислав Цыпин по поводу такого обращения к пастве отмечает: «Благодаря этому православные приходы не подвергались преследованиям, а сам святитель снискал глубокое уважение со стороны японцев». Во время войны в Японии находились русские военнопленные около 73 000 тысяч, о которых Русская духовная миссия взяла на себя заботу. Сам епископ Николай в лагеря посылал японских священников, хорошо владевших русским языком. Затем было учреждено «Общество духовного утешения военнопленных», где состояли не только люди православные, но и из других вероисповедований, а также представители японской власти. «Деятельность епископа Николая во время войны было по достоинству оценена церковным священноначалием: он был возведен в сан архиепископа и ему усвоен титул «Японского»», так как он на деле показал себя истинным миссионером и верным пастырем Японской Церкви. Его поступок остаться во время войны в Японии – это доказательство того, что его проповедническая деятельность не имеет никакого отношения к русской политики.
В 1911 году исполнилось 50 лет с тех пор, как святитель иеромонах Николай впервые ступил на японскую землю. К этому времени Японская Православная Церковь состояла из 266 общин, 1 архиепископа, 1 епископа, 25 священников, 6 диаконов, 14 учителей пения, 116 проповедников, 33 017 верующих.
Последние годы жизни святителя Николая Японского.
Как и всякого Апостола Христова земная жизнь была не вечна, так и Апостола Японии – святителя Николая. Последние годы жизни он болел. Но он уже подумывал о преемнике, желая, чтоб он был из японцев. Так он пишет в своем дневнике: «Преемник мой должен крепко держать в уме эту нравственную несостоятельность японцев и иметь терпение в воспитании их; но едва ли и ему придется видеть начатки самостоятельности Японской Церкви». Но его преемником стал ректор Санкт-Петербургской Духовной Академии, епископ Сергий (Тихомиров), который стал еще и помощником архиепископа Николая в делах миссии.
В 1912 году здоровье просветителя Японии архиепископа Николая ухудшилось и его 11 января положили в больницу святого Луки в Цукиндзи. 23 января его перевезли домой, в миссию. «Владыку со слезами встречали у подъезда Миссии иереи, катехизаторы, служащие Миссии. Всем хотелось хоть на мгновение увидеть владыку».
Но через 11 дней, 3 февраля «ночью начался бред, во время которого умирающий несколько раз произнес слово «Воскресение»» и в 7 часов вечера архиепископ Николай Японский мирно отошел ко Господу. «Тело владыки было отерто святым елеем от мощей святителя Иоасафа Белгородского. На деньги, пожертвованные А. П. Синельниковой, был куплен небольшой участок земли на кладбище Янака (район Уено)». «Из самых отдаленных уголков Японии спешили священнослужители и верующие в Токио на похороны своего дорого Владыки, чтобы своим участием в погребении воздать ему последнюю дань христианской любви и уважания. Никогда Япония не видела таких похорон и такой открытой скорби о скончавшемся». 9 февраля святитель был отпет по-японски. В это время в храме присутствовал японский принц, министры, российский посланник, представители различных инославных конфессий, множество иностранцев. Похоронен святитель Николай в Токио на кладбище Янака-Бочи.
Прославлен святитель Николай Японский в лике святых, с именованием «равноапостольный» в 1970 году. Когда Святейший Синод «определил канонизировать приснопамятного архиепископа Японского Николая ввиду всеобщего почитания его в Японии православными христианами как праведника и молитвенного предстателя пред Господом». Вследствие чего были составлены «служба и акафист на русском и японском языке. В честь владыки был освящен придел токийского кафедрального собора, а несколько лет спустя японская паства возвела часовню рядом с токийским собором. В городе Маэбаси Токийской митрополит был построен храм во имя святителя Николая».
Таким образом, на протяжении жизни Апостола Японии – святителя Николая явился плод его деятельности распространение проповеди Слово Божия и устройство Церкви Христовой, которая до сих пор существует в стране Восходящего Солнца – Японии