Действие происходит спустя 1000 лет после глобальной катастрофы, которая уничтожила всю цивилизацию. Люди смоги выжить, однако водная и земная оболочки Земли теперь сильно заражены, что делает планету практически непригодной для жизни. Значительную часть планеты занял огромный Лес, в котором растут необычные деревья, а также грибы гигантских размеров, заражающие атмосферу ядовитыми спорами. В Лесу обитает множество мутировавших насекомых. Человечеству приходится жить в маленьких поселениях-государствах, которые находятся внутри Леса. Эти люди стараются не позволить вредоносной растительности выйти за пределы этого места и время от времени враждуют за оставшиеся ресурсы.
Совсем рядом от Леса располагается поселение под названием Долина ветров. Люди, живущие здесь, поклоняются ветру. По их убеждению, он защищает население от ядовитых спор, способствует кручению лопастям мельниц, а также оказывает помощь людям в извлечении энергии и пресной воды. Население Долины ветров гармонирует с природой и не принимает участия в конфликтах других государств. Однако эта гармония вскоре может исчезнуть из-за политических отношений. Поэтому, чтобы исключить эту возможность, девочка по имени Навсикая начинает спасать мир.
