Летом 1996 года за помощью к Северусу Снейпу обратилась Нарцисса Малфой. Она просила оказать поддержку её сыну Драко, который вступил в ряды Пожирателей смерти и получил от Волдеморта некое ответственное задание. Сестра Нарциссы, Беллатриса Лестрейндж, уговорила её взять со Снейпа Нерушимый Обет. Вынужденный играть роль сторонника Волдеморта, Снейп согласился и обещал Нарциссе помочь её сыну выполнить возложенную на него миссию, даже если придётся сделать это самому вместо Драко.
В 1996/97 учебный год профессор Снейп вступил в должности преподавателя Защиты от Тёмных Искусств, которой добивался все прежние годы работы в Хогвартсе. Но по каким-то причинам директор решился доверить ему эту должность лишь сейчас. Снейп рассказал Дамблдору об Обете, который ему пришлось дать Нарциссе, и получил задание выяснить у Драко, что приказал ему Волдеморт.
Как оказалось, миссия Драко Малфоя заключалась в убийстве Альбуса Дамблдора. Однако, на момент готовящегося покушения Дамблдор уже был обречён, так как случайно активировал смертельное заклятье в одном магическом артефакте. Благодаря зелью, приготовленному Северусом Снейпом, действие заклятия было замедленно, но смерть была неизбежна. Зная это, Альбус приказал Снейпу выполнить задание Волдеморта вместо Драко Малфоя, преследуя две цели: спасти юную душу Драко от преступления и окончательно убедить Волдеморта в преданности зельевара. Снейп впервые попытался отказаться от исполнения воли Дамблдора, но тот настоял на своём.
В этом же учебном году Гарри Поттер нашёл старый учебник по Зельеварению, принадлежавший когда-то Принцу-полукровке. Кто скрывался под этим псевдонимом, он, естественно, не знал. Из учебника Поттер почерпнул множество полезных рекомендаций, которые помогли ему на уроках у нового преподавателя Зельеварения профессора Слагхорна. К тому же в учебнике было описано несколько заклинаний, придуманных Снейпом: Левикорпус — подвешивание противника вниз головой (контрзаклинание - Либеракорпус); Сектумсепра — нанесение противнику глубоких резаных ран; Муффлиато - возникновение жужжащего звука, препятствующего подслушиванию разговоров; а также заклятия приклеивающее язык к нёбу и вызывающее быстрый рост ногтей на пальцах ног.
30 июня 1997 года Северус Снейп поразил Альбуса Дамблдора смертельным проклятием Авада Кедавра. Это произошло на вершине Астрономической башни Хогвартса на глазах у Гарри Поттера, после чего Снейп бежал вместе с Драко Малфоем и группой Пожирателей смерти, пробравшихся в школу. Гарри Поттер пытался схватить убийцу, используя заклятия из учебника Принца-полукровки. Но профессор легко обезоружил мальчика, сообщив ему, что является тем самым Принцем-полукровкой, заклинания которого Гарри использовал. Не позволив Пожирателю смерти Амикусу Кэрроу убить обезоруженного мальчика и не попытавшись взять его с собой как добычу для Волдеморта, Снейп скрылся. Гарри Поттер рассказал студентам и преподавателям о случившемся, и в их глазах Северус Снейп стал предателем и убийцей. Ненависть и жажду мести Гарри усугублял тот факт, что именно Снейп выдал Пророчество Волдеморту, погубив тем самым семью Гарри. Об этом ему поведала Сибилла Трелони.
Убийством Дамблдора Снейп заслужил крайнюю степень доверия и расположения Волдеморта. И вскоре получил от него соответствующую награду. Захватив власть в Министерстве магии, Волдеморт назначил Снейпа на должность директора Хогвартса. Гарри Поттер в этом году в школу не возвратился и о назначении Снейпа узнал из газет. Вопреки опасениям студентов и преподавателей, новый директор не стал пользоваться своим положением, чтобы издеваться над теми и другими. Напротив, Снейп всячески пресекал попытки Пожирателей смерти применять к детям физические наказания. А руководствуясь советами портрета Альбуса Дамблдора, Снейп продолжал оказывать посильную помощь Гарри Поттеру, отправившемуся на поиски хоркруксов. Он отдал Беллатрисе Лестрейндж поддельный Меч Гриффиндора, спрятав оригинал. Узнав, что Гарри с друзьями находится в Лесу Дин, Снейп отправился туда, спрятал меч на дне замёрзшего озера вблизи стоянки Поттера. И чтобы не являться к мальчику лично, отправил к нему своего патронуса - лань, которая и привела Гарри к мечу. Когда же Гарри с друзьями вернулся в Хогвартс, чтобы найти последние хоркруксы, Снейпу, после вынужденной дуэли с Минервой Макгонагалл, пришлось вновь бежать из школы как преступнику и примкнуть к Волдеморту.
2 мая 1998 года во время Битвы за Хогвартс Северус Снейп был вызван к Волдеморту, обосновавшемуся в Визжащей хижине. Тёмный маг ошибочно решил, что Снейп является хозяином Бузинной палочки. И чтобы право владения палочкой перешло к нему, Волдеморт приказал своей змее Нагини убить Снейпа. Змея напала на зельевара и нанесла ему тяжёлые ранения. Оставив Снейпа истекать кровью, Волдеморт вместе со своей спутницей покинул Визжащую хижину. Случайным свидетелем произошедшего был Гарри Поттер. Ему-то профессор и передал перед смертью свои воспоминания, проливающие свет на истинную роль Северуса Снейпа в жизни самого Гарри и всего магического мира. Просмотрев воспоминания в Омуте памяти, Гарри Поттер узнал о том, что Северус с детства и до самой смерти любил его мать Лили, что он был шпионом Дамблдора в кругу Пожирателей смерти и убил директора по его же приказу, что всеми силами Снейп старался помочь мальчику выжить и победить в борьбе с Волдемортом. Доброе имя Северуса Снейпа было восстановлено.
Много лет спустя Гарри Поттер и Джинни Уизли назвали своего младшего сына в честь двух директоров Хогвартса - Альбус Северус Поттер, а сам Гарри обмолвился, что Северус Снейп был самым храбрым человеком из всех, кого он знал.