Посредством секвенирования образцов от пациентов с COVID-19 эпидемиологи могут отслеживать мутации вируса. Центры болезней и контроля
Новые варианты COVID-19 появляются по всему миру, но ни один из них не попал в заголовки, как так называемый вариант в Великобритании. По данным Центров по контролю и профилактике заболеваний, мутированная форма вируса появилась в пруду в середине декабря и уже была обнаружена в 24 штатах США, в общей сложности 293 случая . Нью-Джерси также сообщил о первой смерти в стране от этого варианта в среду.
Распространение британского варианта на данном этапе могло быть неизбежным, но не обязательно. Эксперты в области здравоохранения, в том числе члены целевой группы Белого дома по коронавирусу , признают, что усилия США по секвенированию сильно отстают от ожидаемых. Генетическое секвенирование изучает РНК в образцах COVID-19, чтобы определить мутации, которые делают вариант отличным от оригинала. Любой вирус, имеющий мутацию, является вариантом - и хотя большинство вариантов не более опасны, чем исходный, некоторые, например вирус SARS-CoV-2, выявленный в Великобритании, могут быть более передающимися. Если эпидемиологи поймают их достаточно рано, правительства могут рекомендовать дополнительные меры предосторожности, чтобы сдержать их, прежде чем они станут широко распространенными. Но, как видно из этой пандемии, многие страны, включая США, не секвенируют достаточное количество образцов, чтобы выявить варианты по мере их появления.
«Усилия по секвенированию и обнаружению вариантов весьма разрознены, - говорит Бенджамин Пински, медицинский директор Лаборатории клинической вирусологии Стэнфордского отделения здравоохранения и здоровья детей Стэнфорда. Согласно GISAID , глобальному проекту по отслеживанию генома коронавируса, в США секвенировалось менее трех образцов на каждые 1000 случаев COVID-19 . Это ставит страну на 43-е место с точки зрения последовательности действий, заявил Белый дом сегодня на брифинге по COVID-19 . (Исландия занимает первое место.) С таким небольшим анализом в реальном времени, говорит Пински, есть вероятность, что США не заразят опасный отечественный вариант, пока он не заразит большое количество людей.
Геномный надзор также позволяет исследователям отслеживать происхождение вариантов и узнавать, насколько они заразны по мере их дальнейшего распространения и возникновения вспышек. Признание этого раньше, чем позже, позволяет правительствам ограничивать поездки между странами и штатами. Однако ограничения на поездки работают только в том случае, если они быстрые и строгие. В Великобритании одна из лучших систем мониторинга вариантов в мире, занимающая четвертое место в списке GISAID. Страна поймала B.1.1.7. По словам Пинкис, эта разновидность была ранней, но сорт все же смог добраться до более чем дюжины стран. Ожидается , что к марту он станет самой распространенной формой COVID-19 в США.
Что еще более важно, раннее выявление более смертоносных вариантов может привести к улучшению медицинского обслуживания. Чем раньше будет выделен вариант, тем скорее исследователи смогут изучить случаи и определить, приводит ли он к более серьезным симптомам. По словам Пинкис, если генетическое секвенирование покажет, что пациент инфицирован более смертельным вариантом, врачи могут чаще наблюдать за ним и госпитализировать. Это может иметь значение и для разработки вакцины, поскольку вирус принимает новые формы, которым необходимо обучать иммунную систему . До сих пор, ранние данные свидетельствуют о том, что вакцины Pfizer CK и Moderna являются эффективными против Великобритании и Южной Африки варианты , хотя необходимы дальнейшие исследования на последнем.
Плохая репутация США в области геномного мониторинга может быть связана с отсутствием финансирования и координации . Но Белый дом заявляет, что выделяет штатам больше средств на определение последовательности, и перспективы улучшаются. «Трудно получить точное количество отобранных проб. Я думаю, что их число растет, - говорит Пинский. «Мы начинаем лучше понимать, что в настоящее время циркулирует в США». Например, ученые обнаружили новый, вероятно, более заразный вариант COVID-19 в Калифорнии при поиске версии для Великобритании. Другой доморощенный вариант тоже может распространяться незамеченным.