В связи с поддержкой казаками Малороссии пугачёвского бунта, императрица Екатерина II (Великая) приказала расформировать Запорожскую Сечь, что и было исполнено по приказу Григория Потёмкина генералом Петром Текели в июне 1775 года. После расформирования Запорожской Сечи около пяти тысяч казаков ушло в устье Дуная, создав Задунайскую Сечь под протекторатом турецкого султана Османской империи.
После уничтожения Запорожской Сечи у князя Потёмкина возникла мысль об использовании оставшихся двенадцать тысяч казаков в военных действиях в составе российской армии против Османской империи. В 1783 году он разрешил бывшим запорожцам Антону Головатому, Захарию Чепеге (Хорьку) и Сидору Белому (Легкоступу) «приглашать охотниковъ к служению в козачьемъ званіи». Таким образом было создано войско под именем «войска върныхъ козаковъ», которое приняло деятельное участие в войне с Турцией. После окончания военной компании в 1788 году были образованы из «върныхъ козаковъ» Екатеринославское и Черноморское казачьи войска. Начальником над ними Указом Екатерины II был поставлен светлейший князь Григорий Александрович Потёмкин-Таврический, который в 1790 году получил титул великого гетмана Екатеринославского и Черноморского казачьих войск. В этом же году Г.А. Потемкин, дабы не тратится на содержание и/или разоружение «върныхъ козаковъ», выделил им под поселение и на «прокормление» земли между Бугом и Днестром. Величайший политик того времени – князь Потёмкин-Таврический – понимая, что недавно уничтоженная Запорожская Сечь может вновь «возродиться», ставит вопрос перед императрицей и Сенатом о переселении «върныхъ козаковъ» с семьями и скарбом на принадлежащие ему земли Таврии (западная часть Краснодарского края). Свой замысел он не успел претворить в жизнь. В октябре 1791 года по дороге из молдавского города Яссы (ныне город в Румынии), направляясь в город Николаев для проведения мирных переговоров с турецкой стороной, Григорий Потемкин заболел лихорадкой и 16 (5 по старому стилю) октября 1791 года скончался.
Выполняя пожелание графа Потемкина-Таврического, а также на основании проекта правительственного Сената о военно-казачьей колонизации земель Кубани, императрица Екатерина II своим Указом от 30 июня 1792 года пожаловала Черноморскому казачьему войску «в вечное владение состоящий в области Таврической остров Фанагории (античный город Таманского полуострова, находившийся вблизи современного поселка Сенной Краснодарского края и основанный во 2-й половине 6 веке до н.э.) со всей землей, лежащей на правой стороне реки Кубани от устья её к Усть-Лабинскому редуту, так, чтобы с одной стороны река Кубань, а с другой – Азовское море до Ейского городка служили границей войсковой земли». Началось переселение казаков к новому месту жительства и несение службы на землях Тамани и в Керченском куте.
Одним из главных исторических личностей того времени стал войсковой судья верного казачьего войска Черноморского бригадир Антон Головатый, который был самый активный деятель по созданию казачьего войска Черноморского и переселению его на Кубань. Первым войсковым атаманом Черноморского казачьего войска был Захарий Чепега – простой запорожский казак, ставший генерал-майором Российской армии. Он непосредственно претворил в жизнь план переселения черноморского казачества. По его инициативе заложен город Екатеринодар, как город-крепость для войскового правительства Черноморского казачьего войска, на месте где ещё в 1778 году Александр Васильевич Суворов заложил Архангельский фельдшанец – оборонительный редут.
В 1792 году на Кубань было переселено 14 374 души обоего пола (из которых 7 860 мужчин). Заняв территорию в 30 000 квадратных верст, в 1794 году казаки основали город Екатеринодар и 40 куренных поселений. Войско должно было нести постоянную сторожевую службу, охраняя границу от нападений адыгов (черкесов). Состав войска несколько раз пополнялся новыми массовыми переселениями. В 1801 году в войске уже было 32 609 душ обоего пола. В 1808 году переселились к черноморцам 500 буджакских казаков (бывших запорожцев, вернувшихся из Турции, куда они ушли после разорения Сечи). В 1809-1811 годах было переселено свыше 23 000 душ, в 1821-1825 годы – свыше 20 000 душ, и последняя волна переселений произошла в 1845-1859 годы. К концу 1860 года на территории войска уже существовали 3 города, 63 куренных поселения, 1 немецкая колония и до 3 000 хуторов.
Казаки исправно служили «Царю и Отечеству» более 100 лет.