В сериале «Наруто» рассказ ведётся о начинающих ниндзя, только-только окончивших академию и получивших «удостоверения» в виде повязок. Сразу же после окончания герои попадают во множество переделок и опасных ситуаций, находят друзей, встречают врагов.
Двенадцать лет назад до начала основных событий, гигантский девятихвостый демон-лис атаковал Коноху — деревню Наруто. Ради спасения деревни, четвёртый хокагэ — глава деревни — запечатал дух этого лиса внутри ребёнка, своего сына, по имени Наруто. Хокагэ умер, став героем своей деревни, желая, чтобы люди считали героем и Наруто, который отныне сдерживал мощь Девятихвостого. Но, к сожалению, для большинства Наруто — девятихвостый лис, поэтому они ненавидят его. Их дети не знают его секрет, но тоже ненавидят, как и их родители.
Главная мечта основного персонажа — Наруто — стать самым лучшим ниндзя в своём селении, то есть Хокагэ. На пути к этой мечте стоит множество преград: окружающие, которые не признают Наруто и презирают его, скептически настроенные одноклассники, учителя, считающие его самым худшим учеником из возможных. Со временем к этому списку добавляются и враги, настроенные весьма решительно. Но Наруто не сдаётся и своими поступками переубеждает всех, в том числе и зрителей.
Сериал начинается с того, что Наруто заканчивает обучение в «Академии Ниндзя» и, успешно пройдя все экзамены, начинает выполнять различные миссии в команде с двумя сверстниками и одним учителем (сэнсэем), постепенно совершенствуясь. Через полгода приходит время очередного экзамена, но его закончить благополучно не удаётся из-за внезапного нападения на их родную деревню. Атаку удаётся отбить, но селение теряет старосту (Кагэ), а Наруто — одного из друзей, который решил перейти на другую сторону. Почти все последующие действия главных героев продиктованы желанием вернуть ушедшего, но пока что им это не удалось.
Наруто Удзумаки (яп. うずまきナルト Удзумаки Наруто) — главный герой. Гиперактивный, энергичный, целеустремлённый и прямолинейный, но не отличается особым умом. Является носителем Девятихвостого лиса-демона; все взрослые жители деревни знают об этом и поэтому стараются обходить его стороной, заодно и не разрешая своим детям играть с Наруто. Мечтает стать хокагэ, главным ниндзя деревни. В основном для того, что бы все признали его.
Саскэ УтихаСаскэ Утиха (яп. うちはサスケ Утиха Сасукэ) — лучший друг и основной соперник Наруто. Одарённый, самостоятельный, эгоистичный, пережил в детстве большую психологическую травму (уничтожение своего клана) и до сих пор не оправился от нее. Он стремится убить своего брата, так как тот уничтожил весь клан Утиха, кроме Саскэ. Считает, что он должен знать, насколько силен, дабы при встрече с братом, убить его.
Сакура ХаруноСакура Харуно (яп. 春野サクラ Харуно Сакура) — девушка, нравящаяся главному герою, но влюблённая не в него. Специально чтобы нравиться Сасукэ, отрастила длинные волосы (поскольку ходили слухи, что ему нравятся девушки с длинными волосами), но позднее в процессе битвы, чтобы не провалить миссию и остаться в живых, ей пришлось их отрезать. По мнению многих людей, похожа на пятую хокагэ и, позднее, свою наставницу Цунадэ.
Какаси ХатакэКакаси Хатакэ (яп. はたけカカシ Хатакэ Какаси) — дзёнин Конохи. Известен как Копирующий ниндзя. Обожает книги серии «Рай объятий» и «Насилие объятий», автором которых является Дзирайя. Всегда носит маску, закрывающую пол-лица и повязку на левом глазе — там, где у него сяринган. Учитель Наруто, Сасукэ и Сакуры. Невозмутимый, жесткий и в то же время заботливый. Всё время опаздывает. Один из самых сильных ниндзя селения, человек, овладевший более чем тысячью различных дзюцу. Хатакэ Какаси никогда раньше не имел учеников. Все они отсеивались еще на стадии экзамена на гэнина. Так что первыми, сумевшими растопить сердце сурового сенсея, стала команда № 7. Теперь он состоит при них в должности руководителя и учителя одновременно… Какаси — сын Сакумо Хатаке, именуемого « Белый клык Конохи», прозванного предателем, и покончившего с собой. Какаси был учеником Четвёртого хокагэ, вместе с Обито и Рин. В одном из заданий Обито пробудил сяринган, но в последствии его правую половина тела придавил камень. Тогда Обито передал Какаси свой сяринган.
