Первая церковь в Батуми была построена еще в то время, когда город находился в Османской империи. Разрешение на строительство церкви у правителей города попросили жившие там греки. На получение разрешения ушло много времени и сил. В дело вмешались Трабзонский митрополит Константин и российский вице-консул в Батуми Петр Джудич. В конце концов, разрешение на строительство церкви было получено. Эта церковь Святого Николая и сейчас является действующей. На стене церкви выбита дата – 1865 год – дата закладки фундамента.
Участок земли под строительство церкви выделили семьи батумских греков. Строительством руководил Иордан Метакса, который завозил из Трабзона строительный камень. Первая служба в церкви состоялась в 1871 году. Но при этом впервые колокольный звон в Батуми раздался в 1878 году, когда османцы покинули Батуми, и в город вошли русские войска. До того христианам запрещали звонить в колокола.
В 1879 году улицу, на которой была построена церковь, назвали Греческой. В разное время она меняла название то в честь Зиновьева, то – Тельмана. Сегодня это улица царя Фарнаваза.
В тех же годах в Батуми была построена также армянская церковь. Вначале это был досчатый молельный дом, который функционировал в течение 15 лет. Затем в 1885 году на его месте по проекту австрийского архитектора Марфелда построили каменную церковь. Эта церковь и сегодня находится на проспекте Константина Гамсахурдиа. Сюда ходили отправлять религиозные потребности батумские григорианцы, или как правильнее – приверженцы Армянской апостольской церкви. В 1920-х гг. в числе прочих церквей и эта была закрыта большевиками. В ней долгое время функционировал планетарий, и лишь в 1996 году церкви вернули изначальную функцию.