В первой части манги, а она состоит из двух частей, Наруто проходит через различные трудности в жизни, но вскоре получает звание начинающего ниндзя - гэнина. Саске Учиха и Сакура Харуно - одноклассники Наруто. Вместе они образуют свою команду, руководителем которой является таинственный Хатаке Какаши. Со временем главный герой создаёт всё новых друзей, обучается всё новым способностям, стремится к своей главной цели - стать хокагэ.
Давайте рассмотрим историю других героев. Смыслом жизни Саске является месть, месть Итачи, который уничтожил весь клан Учиха, оставив в живых лишь Саске. Желая отомстить, Саске переходит на сторону Орочимара, чтобы стать сильнее. Наруто же покидает Коноху и занимается с великим ниндзя Дзирайёй, он хочет вернуть ушедшего Саске.
Вторая часть манги
События второй манги начинаются спустя два с половиной года. К этому времени Наруто заканчивает тренировки с ниндзя Дзирайёй и прибывает в деревню "Скрытой Листвы", чтобы воссоединить команду со своими друзьями. Теперь команда состояла из Наруто, Сакуры и молодого ниндзя Сай, а также находилась под руководством Хатаке Какаши. Важным противником для них была организация Акацуки, которая хотела завладеть всеми хвостатыми демонами, в том числе заточённым в теле Наруто.
Одновременно с этими событиями, Саске Учиха обучился у Орочимару. После этого он предаёт его и направляется на поиски Итачи, своего брата, чтобы отомстить ему. Вскоре, узнав от лидера Акацуки что уничтожение клана Учиха было поручено руководствующими силами Скрытой Листвы, Саске вместе с Акацуки направляются уничтожить деревню.
Мадара Учиха отдаёт распоряжение атаковать деревню, и члены Акацуки начинают сражение. Путём огромных усилий, Коноха отбивает нападение, но с большими потерями. Позже собирается совет лидеров крупнейших селений ниндзя, на котором Мадара объявляет, что хочет собрать всех хвостатых демонов и управлять человечеством. В свою очередь остальные лидеры селений отвергают такое решение, что провоцирует Четвёртую войну ниндзя.