Швейцарский сыр получают путем добавления бактерий S. thermophilus, Lactobacillus и P. shermani в теплое (а в случае швейцарского - непастеризованное) молоко.
Эти бактерии образуют творог в молоке, который затем прессуют в формы в форме колеса и замачивают в солевой ванне. Рассол образует толстую корку вокруг сыра, а колеса для созревания помещают в пещеры для созревания. По мере старения сыра бактерии продолжают его разъедать. P. shermani также потребляет молочную кислоту, выделяемую другими типами бактерий, и, в свою очередь, производит двуокись углерода и пропионовую кислоту. Последняя помогает придать характерный вкус швейцарскому сыру, а первая из-за плотности сыра и корки образует пузырьки. Чем дольше стареет сыр, тем больше становятся пузырьки, а когда колесо разбивается на более удобные для обработки куски, пузырьки лопаются, оставляя после себя дыры.
Сыроделы называют эти отверстия «глазами», и их размер можно контролировать, изменяя кислотность, время выдержки и температуру сыра. Может показаться, что о размере глаз не стоит беспокоиться, но это довольно важно. В 2000 году FDA постановило, что глаза у швейцарских сыров Grade-A, продаваемых в Америке, должны иметь диаметр от 9/5 до 2 см, потому что новое оборудование для нарезки сыра рвало швейцарский сыр с большими глазами.