События Kingdom Come: Deliverance происходят в начале XV века на землях королевства Богемия, части земель богемской короны и Священной Римской империи, в настоящее время являющейся территорией Чехии. Доступная область игры представляет собой окрестности городов Сазава и Ратае-над-Сазавоу(чешск.)руски.. В число других реальных населённых пунктов и достопримечательностей, появляющихся в игре, входят Стрибрна Скалице (чешск.) Светла-над-Сазавоу и Сазавский монастырь . В прошлом Богемией правил император Карл 4.Вацлав 4 , занявший престол после смерти отца, оказался ленивым и негодным правителем, и другой сын Карла, король Венгрии Сигизмунд , похитил Вацлава и заключил его под стражу, а затем вторгся со своей армией в богемские земли.
Действие игры начинается в Скалице: главный герой Индржих, сын кузнеца Мартина, помогает отцу изготовить великолепный меч для хозяина замка — пана Радцига Кобылы. На городок нападает армия Сигизмунда, в рядах которой много иностранных солдат-половцев; в резне, которой командует немецкий рыцарь Маркварт фон Аулиц, погибают и родители Индржиха. Индржих вынужден бежать в соседний замок Тальмберг, сохранив с собой выкованный отцом меч. Позже Индржих возвращается в Скалицу, чтобы похоронить родителей, но сталкивается с бандитами и получает тяжёлое ранение, при этом потеряв меч своего отца. Индржих выживает благодаря соседке Терезе, которая вывозит героя на мельницу своего дядюшки близ города Ратае.
Через некоторое время, заручившись поддержкой пана Радцига Кобылы, Индржих обнаруживает лагерь бандитов и половцев на руинах небольшого городка. Там же оказывается Коротышка — огромный бандит, который некогда отнял у протагониста меч, но при нём этого меча не оказывается. Позже герой втирается в доверие к оставшимся бандитам, чтобы выяснить их планы. Для этого он даже проходит посвящение в монахи и либо убивает, либо инсценирует убийство раскаявшегося бандита. Оказывается, Сигизмунд оказывает поддержку бандитам и половецким наёмникам, чтобы захватить весь регион. Узнав это, вся местная аристократия решает напасть со своими армиями на новый лагерь разбойников — но их предводитель только того и ждал и обманом берёт Тальмберг. Среди пленных оказывается пани Стефания и пан Радциг Кобыла. Как выяснилось, он — настоящий отец Индржиха. Построив катапульту не без помощи героя, аристократы врываются во внутренний двор замка Тальмберга. Весельчак и повеса пан Гануш оказывается рациональнее всех остальных, предлагая главарю бандитов сделку: заложники в обмен на свободный проход из города. Именно в этот момент Индржих в последний раз видит меч, который так долго искал. В финальной сцене пан Радциг извиняется перед Индржихом за то, что так долго скрывал правду, и говорит, что жить можно ради множества других вещей, а не только искать Маркварта фон Аулица и меч.
В эпилоге Индржих и пан Ян Птачек отправляются за пределы игрового региона, чтобы осторожно выяснить у сторонников Сигизмунда, насколько долго они готовы поддерживать короля Венгрии. Как намекает гостящий в Тальмберге кузен Вацлава и правитель Моравии Йост Люксембург, терпение чешской знати небезгранично, а одновременно быть королём Венгрии и Богемии невозможно.