Власть дворян над крепостными была безграничной: людей покупали оптом и в розницу, отрывая мужей от жён и детей от родителей, помещик вершил суд и расправу, мог запороть крестьянина до смерти. История Салтычихи — помещицы Дарьи Салтыковой, замучившей более 100 крепостных, ужаснула даже императрицу, и Салтычиху приговорили к казни, заменённой пожизненным заточением в монастырской тюрьме. Росли и повинности крестьян. Усиление крепостного гнёта вызывало сопротивление крестьянства. Бунты, разгромы имений и расправы над помещиками стали привычным фоном того времени. Беглые крестьяне пробирались на юг, к казакам. Но запорожское и донское казачество уже потеряло былую независимость, и только вдоль реки Яик (Урал) ещё гуляли вольные казаки. Главари беглых именовали себя спасшимися царями, чаще всего Петром III — его имя в народе было символом облегчения положения раскольников и монастырских крестьян.
В 1772 г. казаки Яика подняли мятеж против правительства. Бунт против правительства и дворянства вызвало лишение казаков былых вольностей. Мятеж подавили, но обстановка оставалась напряжённой. И вдруг появился «спасшийся» Пётр III. Он обещал жаловать «реками, морями и травами, денежным жалованьем, свинцом и порохом и всею вольностью». Петром III назвался донской казак Емельян Пугачёв, бывалый солдат, человек властный и жестокий. В сентябре 1773 г. отряд Пугачёва из 200 казаков двинулся вверх по Яику. Маленькие крепости сдавались без боя, гарнизоны переходили на сторону восставших. Офицеров и дворян пугачёвцы казнили.
В октябре 1773 г. 3000 восставших подошли к Оренбургу — хорошо укреплённой крепости. Гарнизон отбил штурм, и Пугачёв осадил город, став лагерем в Бердской слободе. О том, что творилось тогда под Оренбургом, написано в пушкинской «Истории Пугачёва». «Казни происходили каждый день. Овраги около Барды были завалены трупами расстрелянных, удавленных, четвертованных страдальцев».
На помощь осаждённым пришли правительственные войска во главе в В.А. Каром и большой отряд башкир во главе с Салаватом Юлаевым. Кар был разгромлен, а Юлаев и 1200 башкир перешли на сторону Пугачёва. Потерпел поражение и полковник П.М. Чернышёв — его солдаты перешли к Пугачёву и выдали полковника на расправу мятежникам. Только барону Корфу удалось прорваться в осаждённый Оренбург, присоединив к его гарнизону 2500 своих солдат.
А у Пугачёва было уже более 20 000 человек, и к нему со всех сторон стекались новые силы: калмыки, башкиры, уральские рабочие, беглые крестьяне. Пугачёв организовал свою армию. Самозванец Пугачёв называл своих приближённых именами сановников Екатерины: казак Чика-Зарубин именовался графом Чернышёвым, Шипаев стал графом Воронцовым, Овчинников — графом Паниным, Чумаков — графом Орловым. Полковниками пугачёвской армии стали уральские мастеровые Иван Белобородов и Афанасий Соколов (Хлопуша).
В начале 1774 г. генерал-аншеф А.И. Бибиков разгромил повстанцев у г. Татищев, а полковник И.И. Михельсон разбил «графа Чернышёва» под Уфой. Большая часть восставших была перебита, попала в плен или разбежалась.
Пугачёв набрал новые силы — из башкир и уральских рабочих. В июле 1774 г. 20-тысячная армия Пугачёва ворвалась в Казань. В тот же день войска Михельсона выручили казанский гарнизон и вновь разгромили пугачёвцев. Пугачёв с небольшим отрядом направился на юг, в богатое Поволжье, намереваясь дойти до Дона и поднять донское казачество. Запылали усадьбы, вести о расправах над поволжскими дворянами будоражили столицу.
О том, насколько серьёзен был пугачёвский бунт, говорит то, что на его подавление в сентябре 1774 г. был вызван прославленный полководец Суворов. Вместе с войсками Михельсона Суворов преследовал поредевшее войско Пугачёва в Поволжье. Суворов уже почти настиг бунтовщика, но Пугачёва к этому времени уже пленили сами казаки из отряда «царя Петра». Суворов обошёлся с пленным Пугачёвым довольно милостиво и беседовал с ним с глазу на глаз несколько часов, а затем отвёз «злодея» в Симбирск. Отсюда Пугачёва привезли в Москву. Два месяца москвичи ходили на Монетный двор поглядеть на закованного, но всё ещё страшного разбойника. 10 января 1775 г. Пугачёва и его сообщников казнили на Болотной площади в Москве. Но смерть Пугачёва не остановила бунт — ещё год после казни «царя Петра» суворовские войска усмиряли крестьян в восставших губерниях. В конце 1775 г. бунтовщикам даровали прощение. Екатерина велела предать бунт вечному забвению и переименовать реку Яик в Урал.
Бунт Пугачёва, за масштабность часто называемый крестьянской войной, показал правительству и императрице, что назрела необходимость перемен.