Эта часть сюжета охватывает первые 238 глав манги и 220 эпизодов одноимённого аниме.
Пролог — Нами но Куни
Охватываемые тома мангиОхватываемые главы мангиОхватываемые эпизоды аниме1 — 41 — 331 — 19Основная статья: Пролог — Нами но Куни (арка)
Пролог — Нами но Куни (プロローグ~波の国, Purorōgu — Nami no Kuni) — первая сюжетная арка "Наруто". В ней описывается создание команды 7 после выпускных экзаменов в Академии, первые совместные миссии, а затем миссия по эскорту мостостроителя Тазуны домой, в Нами но Куни, где происходит опасное сражение с Оникьёдай, Момочи Забузой и Хаку, Нукенинами из другого селения — Киригакуре но Сато, (霧隠れの里, "Селение, скрытое в тумане").
Чунин Шикен
Охватываемые тома мангиОхватываемые главы мангиОхватываемые эпизоды аниме4 — 1334 — 11520 — 67Основная статья: Чунин Шикен (арка)
Чунин Шикен (中忍試験, Chūnin Shiken) — вторая сюжетная арка "Наруто", повествующая о Чунин Шикен и о прохождении его командой 7. По ходу действия, в сюжет вводятся другие сверстники Наруто и Орочимару, один из основных антагонистов на протяжении всего сериала.
Крушение Конохи
Охватываемые тома мангиОхватываемые главы мангиОхватываемые эпизоды аниме13 — 16116 — 13868 — 80Основная статья: Крушение Конохи (арка)
Крушение Конохи (木ノ葉崩し, Konoha Kuzushi) — третья сюжетная арка "Наруто", рассказывающая о вероломном нападении объединённых сил Отогакуре и Сунагакуре на Коноху для её разрушения во время одного из финальных боёв Чунин Шикен. Орочимару применяет Кучиёсе: Эдо Тенсей, за что расплачивается своими руками, а Сандайме Хокаге гибнет.
Поиски Тсунаде
Охватываемые тома мангиОхватываемые главы мангиОхватываемые эпизоды аниме16 — 19139 — 17181 — 100Основная статья: Поиски Тсунаде (арка)
Поиски Тсунаде (綱手探索, Tsunade Tansaku) — четвёртая сюжетная арка "Наруто", в которой повествуется о путешествии Наруто и Джирайи по Хи но Куни в поисках кандидата на пост Хокаге, Тсунаде. Саске сталкивается с Итачи, своим братом, уничтожившим их клан, и решает уйти к Орочимару в поисках силы, способной помочь победить его.
Миссия по возвращению Саске
Охватываемые тома мангиОхватываемые главы мангиОхватываемые эпизоды аниме20 — 27172 — 238107 — 135Основная статья: Миссия по возвращению Саске (арка)
Миссия по возвращению Саске (サスケ奪回任務, Sasuke Dakkai Ninmu) — пятая сюжетная арка "Наруто". В ней повествуется о путешествии Саске к Орочимару и усилиях его друзей по возвращению обратно в деревню. Завершается схваткой между Саске и Наруто, в которой последний проигрывает. Позже, Наруто уходит в путешествие с Джирайей, который соглашается его тренировать.