Во время битвы при Фермопилах царь Леонид 1 возглавляет спартанскую армию в битве против персов. Спартанцы побеждают, но захваченный вражеский солдат сообщает Леониду, что персидская армия обнаружила горную тропу, по которой к утру должны прибыть спартанцы. Тем не менее Леонид решает задержать персидское наступление.
В настоящем времени Лейла Хасcан обнаруживает Копье Леонида и вместе с Викторией Бибо извлекает из него ДНК двух человек, брата и сестры Кассандры и Алексиоса. Лейла выбирает одного из них («Мистиоса») и погружается в Анимус чтобы найти местонахождение Посоха Гермеса.
Мистиос — маленький спартанский ребёнок, воспитанный их родителями Николаосом и Миррин, и унаследовал Копье Леонида от Миррин как один из потомков царя Леонида. Однажды Мистиос, и его брат и сестра были приговорены быть сброшенными с горы из-за пророчества оракула, а Мистиос был сброшен самим Николаосом. Мистиос пережил падение и бежал на остров Кефалония, где он рос, и выполнял различные поручения до начала Пелопоннесской войны.
К Мистиосу приходит богатый человек по имени Элпенор, который нанимает его чтобы убить «Волка Спарты». Позже Мистиос обнаруживает что Волк — это сам Николаос и противостоит ему. Николаос признает что сожалеет о том что сделал, но сделал это во благо Спарты. У Мистиоса есть выбор: казнить или пощадить Николаоса, и он узнает что Николаос на самом деле их отчим и что Миррин находится в опасности. Затем Мистиос возвращается к Эльпенору и требует у него рассказать правду. Элпенор рассказывает что знал что Николаос был их отчимом, и хотел чтобы он умер чтобы война продолжалась. Он предлагает другую работу — убить Миррин, но Мистиос отказывается и Элпенор сбегает. Тогда Мистиос едет в Дельфы, чтобы узнать у Оракула местонахождение Миррин, где они встречают Геродота, который узнает Копье Леонида Мистиоса. При встрече с Оракулом Мистиоса предупреждают о культе Космоса, который стремится убить их и их семьи. Мистиос проникает в культ, убивает Элпенора и используя его одеяния проникает на собрание культистов. Он обнаруживает что Культ Космоса планирует воспользоваться начавшейся войной чтобы захватить контроль над всей Грецией, и что их лидер Деймос на самом деле является родным братом Мистиоса, которому теперь промыли разум и заставили служить Культу.
Мистиос продолжает свое путешествие по всей Греции, очищая от коррупции как Спарту, так и Афины, и оказывая поддержку таким влиятельным греческим личностям, как Перикл и Аспазия. Он не может остановить убийство Перикла от рук Деймоса, но может воссоединиться с Миррин и найти своего истинного отца, Пифагора. Миррин и Пифагор объясняют что они задумали рождение Алексиоса и Кассандры чтобы сохранить родословную царя Леонида, так как он и его потомки имеют особую связь с артефактами Предтеч, такими как Копье Леонида. Пифагор поручает Мистиосу найти несколько артефактов-прекурсоров, необходимых для того, чтобы навсегда запечатать скрытый город-прекурсор Атлантиду, чтобы его знания не могли быть использованы врагами вроде Культа Космоса. После этого Мистиосу удается отомстить за смерть Перикла, убив его политического конкурента Клеона. В зависимости от действий Мистиоса, он может убедить Деймоса отказаться от служению культу и восстановить свою семью с Николаосом, Мирриной, их родным братом и их новым сводным братом Стентором, счастливо живущими вместе в своем старом семейном доме.
Поскольку война предотвращена, а Культ практически уничтожен, Мистиос направляется к секретному месту встречи Культа под Храмом Дельфы, чтобы уничтожить пирамиду Предтеч, которую Культ использовал для влияния на греческую политику. Прикоснувшись к нему, Мистиос получает видения будущих конфликтов, которые должны произойти после разрушения пирамиды. Затем прибывает Аспазия и становится понятно что именно она была первоначальным лидером Культа Космоса, но не согласилась с его действиями поскольку его члены стали более коррумпированными, и она благодарит Мистиоса за уничтожение Культа. У Мистиоса есть возможность убить или пощадить Аспазию, но в любом случае он разрывает с ней связь. Наконец, Мистиос после победы над различными олимпийскими противниками, основанными на монстрах из греческой легенды (Минотавр, Циклоп, Медуза и Сфинкс) и собирает все артефакты необходимые для запечатывания Атлантиды, и активирует запись Предтечи Алетии, которая предупреждает Мистиоса и Лейлу что знания и технологии Предтеч не предназначены для людей и должны быть уничтожены чтобы люди могли достичь своего истинного потенциала. Пифагор неохотно передает Посох Гермеса Мистиосу, умирая при этом. Затем Мистиос продолжает свои приключения.
В настоящем времени Лейла Хассан использует данные Анимуса чтобы найти Атлантиду и активировать её. Когда Ассасины анализируют собранные данные, Лейла с удивлением обнаруживает Мистиоса, который дожил до наших дней благодаря Посоху Гермеса. Мистиос предупреждает Лейлу что миру нужен баланс между порядком и хаосом, Орденом Тамплиеров и Ассасинами соответственно, и любая из сторон преобладающая над другой приведет к гибели мира. Мистиос также объясняет что Лейла является пророком который приведет баланс в порядок и хаос и отдает ей Посох Гермеса, умирая при этом. Лейла однако заявляет что в жизни Мистиоса так много ещё неизведанного и возвращается в Анимус.