Мученик Иоанн родился в 1891 г. в Богородском уезде Московской губернии в семье крестьянина Василия Малышева. Иван окончил сельскую школу, в годы Первой мировой войны был рядовым, в 1918 г. мобилизован в красную армию, где служил фуражиром.
В 1920-е гг. Иван Васильевич поступил электриком на завод «Серп и молот» и вместе с семьей переехал в Москву. Малышевы поселились на Николо-Ямской улице возле храма преподобного Сергия Радонежского. Иван Васильевич стал прихожанином этой церкви, выполнял в ней все работы, связанные с электричеством. В самое страшное для Церкви время, в декабре 1937 г., Иван Васильевич стал членом приходского совета. В храме он стал проводить все свободное от работы время.
Начавшийся летом 1937 г. Большой террор сначала обошел мученика Иоанна стороной. Однако спущенные сверху разнарядки по арестам надо было выполнять. Собрав сведения об активных прихожанах Рогожской слободы, чекисты приняли решение об аресте Ивана Васильевича. 26 апреля 1938 г. мученик Иоанн был заключен в Бутырскую тюрьму. Допросы продолжались в течение месяца, обвинить простого электрика было не в чем.
Чекистам помог обыск, в ходе которого в доме были найдены граммофон, двадцать дореволюционных пластинок с церковными песнопениями и гимном «Боже, Царя храни» («Молитва русского народа»). Этого было достаточно для обвинения в «контрреволюционной фашистской агитации». Иван Васильевич виновным себя не признал, заявив, что пластинки купил для себя у случайного торговца на Кузнецком мосту.
Частное прослушивание пластинок и отказ прекратить церковную деятельность стали основанием для приговора – Иван Васильевич получил пять лет лагерей. Срок ему было суждено отбывать в местах, откуда возвращались немногие – на Колыме. От непосильной работы и бесчеловечных условий содержания зимой 1940 г. мученик Иоанн тяжело заболел. Врач лагерного пункта определил у него острое воспаление почек, порок сердца, водянку живота и отек легких. Иван Васильевич Малышев умер на рассвете 19 января 1940 г. в праздник Крещения Господня. Память мученика Иоанна отмечается 20 января.
По игум. Дамаскину (Орловскому)