Массированное вторжение рыцарей Тевтонского ордена в прусские земли, поддержанное поморскими князьями, произошло в 1233 г. Для того, чтобы крестоносцы смогли закрепиться на востоке нынешней Калининградской области, там, где сейчас расположены города Советск и Неман, им понадобилось более 40 лет. ( Для сравнения, Северо-Восточная Русь была завоёвана монголо-татарами , примерно, за полгода-год. Это к вопросу о степени сопротивления пруссов захватчикам с Запада).
В 1277 г. крестоносцами был завоёван главный город прусского племени скальвов Раганита. На месте древнего городища был воздвигнут орденский замок Рагнит. Ну а граница между владениями Тевтонского ордена и землями, которые рыцари ещё собирались покорить, пролегла как раз по реке Неман.
После вторжения крестоносцев в прусские земли многие из пруссов покинули свои родные жилища и переселились на восток. Это было лучше чем погибнуть от немецкого меча или подвергнуться насильственному крещению. Путь беглецов, в первую очередь, лежал в северную часть Скаловии, расположенную на правом берегу Немана, куда крестоносцы ещё не добрались. Отсюда, беглецы расселялись по всей Жемайтии, которая у немцев получила название Самогитии. Русские называли её Жмудью. В 1230-1250-м годах Жемайтия сохраняла свою независимость от великих литовских князей. Многие из пруссов шли дальше и поселялись на литовских и белорусских землях.
Исход пруссов, как можно судить по ряду косвенных данных, продолжался на протяжении нескольких десятков лет, пока шло завоевание крестоносцами Пруссии. Великий князь литовский Миндовг( ок.1195 г. -5 августа 1263 г.), после того, как ему удалось в 1260-м установить свой контроль над Жемайтией, вероятно, был чрезвычайно доволен, получив в своё распоряжение прусских воинов, готовых биться со своими врагами до последней капли крови. (А ведь ещё в 1253 г., отчаявшись овладеть Жемайтией, подарил значительную часть этой страны Ливонскому ордену в обмен на покровительство). Миндовг населил пруссами свои приграничные владения в Чёрной Руси. Так, мы встречаем пруссов в Гродно в тот момент, когда они отбили совместное нападение галицко-волынских князей и монголо-татар. Впрочем, это не мешало пруссам в это же самое время служить при дворе галицко-волынских князей, занимая довольно высокое положение.
Начиная с 14-го в. Тевтонский орден всё активнее заявляет о своих правах на Жемайтию. С этого времени начинаются регулярные вторжения крестоносцев на правый берег Немана. Используя в качестве опорной базы для своего продвижения на восток замок Рагнит, крестоносцы постоянно стремились закрепиться на противоположном берегу реки. Они снаряжали водные и сухопутные экспедиции, осаждали укрепления жемайтов, строили свои крепости, доставляя на кораблях по реке необходимые строительные материалы, а ближе к концу 14-го столетия - уже и артиллерийские орудия. Но через какое-то время жемайты, вместе с приходившими к ним на помощь литовскими князьями, разрушали возведённые крестоносцами крепости.
Нельзя сказать, чтобы великие литовские князья бились за Жемайтию до последней капли крови. Всё-таки Жемайтия не была для них родиной. В мирных переговорах между Тевтонским орденом и Литвой, Жемайтия очень часто выступала в качестве разменной монеты. Несколько раз она была уступлена литовскими князьми Тевтонскому ордену, в обмен на мир и покровительство. Разумеется, дипломатические уступки мало что значили на деле. Ведь жемайты, невзирая на позицию великих литовских князей, продолжали упорно биться с крестоносцами.
В целом, если оценивать влияние пруссов на формирование литовского государства и литовской нации, то можно однозначно сказать, что приток пруссов, отступавших на восток под натиском крестоносцев, по сути, спас Литву от гибели в самый сложный период её существования. Ведь маленькое литовское государство в XIII-XIV вв. со всех сторон было окружено врагами: немцами, поляками, русскими, монголо-татарами. Почти каждый год литовцам приходилось отбивать их нападения, а нередко и самим переходить в атаки. Не будем забывать, что после покорения пруссов, литовцы, как язычники, стали следующей целью западных крестоносцев. Лишь после решающей победы над Орденом при Грюнвальде в 1410 г. сложились все необходимые предпосылки для объединения разных частей Литовского государства в единое целое. Жемайтия также была постепенно включена в этот процесс.