После смерти Анны Иоанновны в 1740 году императором стал Иоанн Антонович, которому не было ещё и года, регентом при нём, была его мать, Анна Леопольдовна. Но уже спустя год случился переворот: Елизавета Петровна при поддержке Преображенским полка арестовала младенца-императора, его родителей и всех их приближённых.
После того, как Елизавета заняла престол, она собиралась выслать семью арестованных за границу, но испугавшись, что Анна Леопольдовна может найти там поддержку, императрица посадила всех под стражу.
Бывший император уже в возрасте четырёх лет был полностью изолирован от родителей.
Ивана по указанию Елизаветы Петровны стали называть Григорием, заключение было устроена так, что никто почти не мог пройти к нему. Содержали экс-императора в тюрьме ужасно. А его мать умерла в заточении в 1746 году.
В 1756 году Ивана перевезли в одиночную камеру в Шлиссельбургской крепости на Неве. Там он находился в полном одиночестве, ему не разрешалось никого видеть, даже служителей крепости. Существует легенда, что изоляция Ивана была до того строгой, что он не видел человеческого лица за всё время, проведённое в тюрьме, но сейчас историки считают, что это недостоверно. Известно, что узник откуда-то знал о своём царском происхождении, был обучен грамоте, читал находившуюся в камере Библию. Иван хотел жить в монастыре.
В конце пятидесятых годов у бывшего императора стали заметны признаки неадекватного поведения. Об этом свидетельствовала Екатерина ll; хотя работники тюрьмы думали, что это лишь симуляция.
В 1764 году, уже во время царствования Екатерины Второй, подпоручик Мирович, караульный в Шлиссельбургской крепости, завербовал несколько человек из солдат, чтобы освободить заточенного Ивана.
Но людям, охранявшим Ивана, был отдан секретный приказ -умертвить арестанта при попытке освобождения. Из-за этого в ответ на требование Мировича о выдаче ему Ивана, стража заколола несчастного пленника и только потом сдалась.
Мирович был казнëн в Петербурге. Существует гипотеза, согласно которой его спровоцировала императрица, чтобы избавиться от Ивана.
Молодой узник погиб, так и не став свободным человеком.