We Are Not Alone стала первой попыткой создания новой сюжетной истории, выходящей за рамки земной орбиты на движке X-Ray.
Появление подобного проекта станет довольно необычным для поклонников Сталкера, но в то же время, внешне очень его напоминающим, так как We Are Not Alone не только создан на платформе движка всеми любимой игры Сталкер Зов Припяти, но и полностью вобрал в себя все представленные в нём ресурсы и игровую механику.
Сюжет мода построен из трех основных частей, главным героем которого будет боец спецназа, ст. лейтенант Николай Звягинцев. Прологом и завязкой сюжета станет наземная операция группы спецназа, происходящая в 1998 году, задачей которой станет штурм одного из подмосковных исследовательских институтов, захваченного террористами. Не раскрывая подробностей скажем, что после штурма главный герой отправляется в космос и дальнейшие события уже будут разворачиваться на поверхности Луны.
Стоит отметить, что вторая часть сюжета, в отличие от пролога, приобретает довольно нелинейный характер, что позволяет игроку свободно перемещаться и изучать игровую локацию, не оглядываясь на строгое выполнение сюжетных заданий. После выполнения всех заданий основного сюжетного этапа, в финале нам предстоит увидеть еще один линейный уровень, который и подытожит прохождение мода We Are Not Alone.