На протяжении учебного года Гарри, получивший дневник Тома Реддла, а также Рон и Гермиона проводили расследование с целью выяснить причины происходящего с обитателями Хогвартса. После пропажи Джинни Уизли Гарри и Рону удалось выяснить, что причиной является змей-василиск. Гарри с помощью Рона сумел добраться до Тайной Комнаты, где встретил Тома Реддла и узнал, кто он такой. Том сначала рассказал ему о своих планах, а потом натравил на Гарри василиска. Гарри сумел убить василиска мечом Гриффиндора, после чего проткнул дневник ядовитым клыком гигантской змеи. В итоге из дневника вытекли чернила, после чего Том Реддл исчез. Но в ходе сражения Гарри был отравлен ядом василиска, от которого должен был погибнуть, однако ему приходит на помощь отправленная Дамблдором птица-феникс Фоукс, которая, излечив Гарри, помогает мальчику и всем его спутникам, включая Джинни, выбраться из Тайной комнаты.
В последний день Гарри доказал невиновность Хагрида в смерти Плаксы Миртл (единственной ученицы, которая в своё время погибла в школе, увидев василиска), разоблачил Люциуса Малфоя, подкинувшего дневник Тома Реддла в котёл Джинни Уизли и задумавшего возглавить школу[прояснить], и освободил Добби, домового эльфа Малфоев, от тирании хозяина. Добби стал свободным эльфом и пообещал выполнять просьбы Гарри.
Узник Азкабана
Гарри ссорится с Дурслями и сбегает из их дома. На одной из улиц он видит чёрного пса и садится на автобус Ночной Рыцарь. От мистера Уизли Гарри узнаёт, что опаснейший преступник Сириус Блэк бежал из Азкабана для того, чтобы убить Гарри и закончить дело своего хозяина. Во время поездки в Хогвартс Гарри впервые встречает в поезде дементора, который искал Блэка. Возможно, почуяв некую взаимосвязь Гарри и Сириуса, дементор напал на Гарри, в результате чего Гарри потерял сознание, но его защитил профессор — Римус Люпин (впоследствии оказавшийся оборотнем).
В течение года, благодаря Люпину, Гарри научился вызывать Патронуса (у Гарри он принимал вид оленя), для чего они используют боггарта принимающего при виде Гарри облик дементора. Благодаря Джорджу и Фреду Уизли (братьям Рона), к Гарри в руки попадает карта Мародёров, которая, наравне с мантией-невидимкой, становится неотъемлемой спутницей Гарри в его многочисленных приключениях, и помогает выйти из Хогвартса никем не замеченным.
Позже Гарри встретил Сириуса Блэка в Визжащей Хижине и узнал, что его обвинили и отправили в Азкабан несправедливо. Гарри не удалось доказать невиновность Сириуса: анимаг-предатель Питер Петтигрю, настоящий преступник, который всё это время притворялся домашней крысой Рона, сбежал. Блэк попал в руки правосудия. Не позволив Сириусу сразу убить Питера, Поттер спас жизнь Петтигрю. Гарри, спасая Блэка, подвергся атаке дементоров, но был спасён самим собой, вернувшимся позже в прошлое.
Впоследствии Блэк стал другом Гарри и, насколько это было возможно, стал исполнять обязанности крёстного отца.
Кубок огня
Гарри Поттер посещает вместе с друзьями чемпионат мира по квиддичу, где становится свидетелем нападения Пожирателей Смерти. Чуть позже Пожиратель Смерти Барти Крауч-младший, выполняя приказ Тёмного Лорда, пленяет мракоборца Аластора Грюма и под его видом преподаёт в Хогвартсе, где знакомит Гарри с Непростительными Заклинаниями.
Позже Кубок огня, вопреки нескольким правилам, выбрал Гарри Поттера для участия в проходившем в тот период в Хогвартсе Турнире трёх волшебников, хотя он не выставлял свою кандидатуру. Используя подсказки лже-Грюма, Гарри сумел справиться с первыми двумя заданиями: добыть яйцо дракона и спасти Рона из озера.
Последним заданием был поиск в лабиринте из колючего кустарника Кубка Трёх Волшебников, после чего Гарри и другой чемпион Хогвартса Седрик Диггори попали на кладбище недалеко от усадьбы Мраксов, где находились Питер Петтигрю и лорд Волан-де-Морт. По приказу Лорда, Петтигрю убил Диггори и переместил Гарри на могилу Реддла-старшего. Хвост использовал свою руку, часть праха Тома Реддла-Старшего и кровь Гарри для возрождения Волан-де-Морта. Отныне в жилах Волан-де-Морта текла кровь Лили Поттер, поэтому «защита крови» частично перестала работать: возродившийся Тёмный Лорд теперь мог прикасаться к Гарри и не обжигаться при этом. В последующей дуэли Тёмный Лорд на глазах у Пожирателей Смерти во главе с Люциусом Малфоем не смог убить Поттера, потому что их волшебные палочки оказались сделаны из пера одного и того же феникса. Более того, души последних убитых Тёмным Лордом, среди которых, в том числе, были и родители Гарри, пришли на помощь Гарри. Одной рукой Поттер взялся за безжизненное тело Седрика Диггори, а другой рукой вновь коснулся Кубка — и оказался в Хогвартсе, где Крауч-младший был разоблачён. Так закончилась четвёртая попытка убить Гарри Поттера.
Гарри был объявлен победителем Турнира. Деньги за победу — тысячу галлеонов — он отдал Джорджу и Фреду Уизли на их собственный магазин «Волшебные Вредилки Братьев Уизли».