В 2000 году Франком Годдио и его командой из Европейского института подводной археологии была обнаружена на расстоянии 6500 метров от современного побережья стела с надписью «Гераклион». Таким образом выяснилось, что город, больше известный как Тонис, был назван в честь Геракла, и что существовал в действительности. Его развалины площадью в 15 кв.км находятся на глубине около 50 метров в западной части бухты Абукир.
Город был основан в VIII веке до нашей эры, и являлся портом для всех судов Греции, торговыми воротами Египта. Однако в VIII веке уже нашей эры по неизвестным причинам Тонис (Гераклион) затонул. Гипотезы на эту тему выдвигались разные: он наводнения, вызванного разливом Нила, до мощнейшего землетрясения, в результате которого произошло изменение уровня моря.
Согласно древним трактатам, в нем была коронована Клеопатра, а в 331 году нашей эры рядом с этим городом была основана Александрия. Единственные упоминания о Гераклионе можно найти только в летописях Геродота.
К удивлению археологов, некоторые артефакты, пролежавшие на дне более 1200 лет, сохранились практически без изменений. Были обнаружены стены дворца с колоннами из розового гранита, пятиметровые статуи богини Исиды, бронзовые статуи фараона и сфинкса, а также кусок кварцита с гравюрой Сети I (отца Рамзеса II). На поверхность подняли огромную каменную голову Цезариона, сына Клеопатры и Юлия Цезаря, а также скульптуру Птолемея XII, отца Клеопатры.
В данное время раскопки продолжаются, и найден еще ряд артефактов: останки 60 кораблей, бронзовые статуэтки и золотые монеты, памятники и небольшие фигурки богов. Но самой главной находкой считаются гранитные плиты с надписями «Гераклион».
Ученые склоняются к мнению, что эта часть юго-восточного бассейна Средиземного моря была подвержена оседанию почвы, а разлив Нила вместе с землетрясением мог вызвать погружение города в морские глубины.