А ведь действительно, слово "что" пишется через букву "ч", а произносим мы его всегда как "што", не задумываясь, в чем же причина этого явления. И ситуация, когда слово произносится не так, как пишется, далеко не редкая в русском языке. Но обо всем по порядку.
Версия 1
Где-то до XIV века существовал древнерусский язык, который после распался на русский, украинский и белорусский. Для него было свойственно наличие звуков "ъ" и "ь" (раньше они назывались "ер" и "ерь"), которые языковеды называют редуцированными или сверхкраткими, поскольку в речи они произносились очень кратко. Слово "что" писалось как "чьто". Из-за короткого редуцированного "Ь" слово так и произносилось: [ч'то]. Однако в процессе падения редуцированных в XII-XIII веках буквы "ь" и "ъ" исчезли, а соседние звуки стали звучать иначе. Именно это и произошло со словами "что" и "конечно". Несмотря на то, что в написании этих слов буква "ч" сохранилась, в устной речи она превратилась в "ш".
Версия 2
В слове "что" оказались рядом два глухих согласных звука, несколько похожие по способу образования:
[ч’] - смычно-щелевой
[т] - смычный, взрывной
В московском произношении, уходя от подобия, звук [ч’] постепенно заменяется на [ш].
Это старомосковское произношение закрепилось в орфоэпии современного русского литературного языка. И теперь сочетание букв "ч" и "т" звучит как [шт].
Подытожим
Все остальные варианты являются разговорными либо просторечными. И это относится не только к слову "что", но и ко всем его производным: что-то, что-либо, что-нибудь, кое-что, ничто.
Исключением является лишь слово "нечто", которое и пишется, и произносится одинаково.
Но и здесь есть исключения
Какой бы из вариант вам не пришелся по душе, надо помнить, что он не распространяется на такие заимствованные слова как "почта", "почтальон" и их производное "почтарь". В них, так же как и в словах "чтение", "чтец", "чтить", "мечтать", буквосочетание "чт" произносится как [ч’т].