По версии следствия, в 2016-2020 годах дирекция заключила государственные контракты с подрядчиками на проведение работ по ремонту и реконструкции автомобильных дорог Хужир — Харанцы, Баяндай — Еланцы — Хужир общей протяженностью 40 километров, и причальных сооружений паромной переправы Сахюрта — Ольхон. Капитальный ремонт дороги проведен лишь на отрезке 600 метров. В проектно-сметной документации имеются существенные недостатки. Это препятствует исполнению контрактов, однако сотрудники дирекции поспособствовали тому, чтобы подрядчикам было выплачено более 190 миллионов рублей.
В рамках расследования проведены обыски и в коммерческих организациях, исполняющих госконтракты, и в дирекции. Допрашиваются должностные лица учреждения и руководство подрядных организаций.