В июле 1699 в Каледонию прибыли 2 корабля с 300 поселенцами. Каково было их удивление, когда вместо процветающей колонии они обнаружили заброшенное почти разрушенное поселение с сотнями могил.
Тем же вечером на корабле состоялся совет, неизвестно о чем говорили за большим количеством виски, но в конце на концов на корабле начался пожар и огонь полностью уничтожил судно. Оставшийся корабль, забитый до отказа, отправился на Ямайку, где их опять не пустили на берег. На судне начался тиф, унесший жизни большинства колонистов.
Тем временем, находящийся в Нью Йорке Томас Драммонд, спасший один из первых кораблей, узнал, что к Дарьину отправился уже третий экспедиционный флот с 1300 переселенцами. Драммонд нанял 2 шлюпа, собрал команду из уцелевших и местных и отправился на помощь.
Третья экспедиция прибыла в Америку 30 ноября 1699 и встретилась с Драммондом. Недовольные ложью поселенцы отказались восстанавливать колонию, заявляя, что они хотели присоединиться к поселению, а не отстраивать его заново.
В этот момент на берег недалеко от поселения высадились испанские солдаты, которые пока не предпринимали попыток наступления.
На фоне внешней угрозы вспыхнул конфликт между лидерами шотландских поселенцев.
Драммонд настаивал на перестройке форта для лучшей защиты поселенцев, но против выступил купец Джеймс Байерс, говоривший о том, что лидерам экспедиции больше веры нет, и так слишком много лжи было. Однако статус взял верх, и купец был арестован, а лояльные ему люди были арестованы и высланы назад в Шотландию.
Все это время колонию одолевала лихорадка и голод, каждый день умирало несколько человек, и Байерс вскоре сбежал на одном из шлюпов. Оставшиеся без лидера колонисты лишь топили грусть в алкоголе, все это продолжалось до 1700 года, когда в Америку на помощь в организации обороны прибыл Александр Фонебо. Тот оказался человеком, которого так не хватало колонии, он выбил испанцев из окрестностей Новой Шотландии.
Увы, новый лидер подхватил лихорадку, и не мог далее руководить поселением. Испанцы воспользовались этим, и осадили форт Сент-Эндрюс. Несколько месяцев испанцы продолжали осаду, они сами были ослаблены болезнью. И только через 3 месяца осаждающие предприняли решительные действия, и под угрозой атаки шотландцы собрали припасы и амуницию и отплыли восвояси. По условиям заключенного договора они больше никогда не должны были возвращаться в Дарьенские земли.
Из 2500 человек, участвовавших в экспедиции осталось несколько сотен. Провал Дарьенского проекта вызвал большое недовольство по всей стране. Были разорены не только влиятельные люди, но и простые граждане, вложившие средства в акции кампании.
По разным данным в экспедицию было вложено от 15 до 40% капитала страны, которая стала по сути банкротом. Кто-то обвинял англичан, кто-то считал, что следует попробовать еще раз... Словом, тот случай, когда целая страна буквально пошла ва-банк.
В том же году кампания обратилась к королю с ходатайством о праве на колонию, но Вильгельм с сожалением отклонил просьбу, объяснив следующую возможную экспедицию как новую войну с Испанией. Обанкротившееся дворянство все чаще стало говорить о том, что в такой ситуации страна не сможет влиять на международную политику, а став частью крупной державы сможет урвать себе выгоду от торговли.
Одним из сторонников объединения Англии и Шотландии стал Уильям Паттерсон - будучи сторонником Дарьенского проекта, он понимал, что Шотландия и так уже зависит от Англии, даже еще без объединения. Соединение двух стран хотя бы уберет пошлины и налоги между Англией и Шотландией и позволит последней присоединиться к английской экономике. Также за объединение были купцы, желающие торговать с Англией и ее колониями.
Вскоре шотландцы обратились к Лондону с просьбой покрыть госдолг своей страны и стабилизировать валюту. Второе прошение было принято, и шотландский фунт был приравнен к английскому шиллингу.