«Трансмашхолдинг» было создано в 2002 году, на базе предприятий, контролируемых Искандером Махмудовым и Дмитрием Комиссаровым В 2005 году «Трансмашхолдинг» создал совместное предприятие с немецкой компанией Siemens AG — , которое специализируется на создании высоковольтных статических преобразователей для пассажирских вагонов, электровозов и электропоездов. До 2006 года компания не являлась владельцем активов, а была управляющей компанией и сдавала заводы и оборудование на них в аренду. В марте 2006 года «Трансмашхолдинг» обратился в Федеральную антимонопольную службу за разрешением на консолидацию основных производственных активов: до 100 % акций Брянского машиностроительного завода, «Метровагонмаша», Демиховского машиностроительного завода, Коломенского завода, Новочеркасского электровозостроительного завода, Октябрьского электровагоноремонтного завода, «Пензадизельмаша», «Центросвармаша» и «Бежицкой стали». В марте 2007 года «Трансмашхолдинг» за 58 млн долларов США купил на привати