Успех в присоединении Астрахани и Казани утвердил Ивана во мнении о непобедимости своей новой армии. Он решил присоединить территорию слабеющего Ливонского Ордена. В 1558 году началась Ливонская война, в которую вступили Швеция, Польша и Дания. В результате этого затяжного конфликта в 1583 году Ивану пришлось признать свое поражение и отказаться от ряда территорий в Прибалтике.
На Россию эта война оказала сильное влияние. Казна была опустошена, а в стране появились признаки экономического кризиса.
Но люди гибли не только на войне. Гибли они и внутри страны. Ведь в 1560-1570-х появилось такое явление как Опричнина. К этому времени Избранная рада уже распалась, большинство участников были убиты, так как их взгляды расходишись со взглядами царя. Андрей Курбский, из-за разнвх взглядов с царем на внешнюю политику бежал в Литву.
Опричнина была плодом подозрительности и недоверия царя к своим подчиненым.
Все началось с болезни самого царя и смерти любимой жены Анастасии Романовны Захарьиной. Царица умерла молодой и это не могло не вызывать подозрений. Через много лет историки докажут, что многие члены царской семьи умерли именно от отравления.
Иван заболел и, чувствуя что умрет, назначил наследником малолетнего сына. Но боярство не было готово подчиниться маленькому царевичу, кроме того каждый в тайне надеялся стать царем после смерти Ивана IV.
Но царь выздоровел и заподозрил всех бояр в измене. Его подозрительность стала приобритать масштабы паранойи. Так появилась Опричнина. Люди, которые по указке царя могли убить любого, заподозренного в измене или дурных мыслях, против правителя или его политики. Но не пройдет и десятилетия, как деяния опричников обернуться против них и грозный царь обрушится на них самих, а слово "опричнина" станет табу.
Конец опричнине пришел в 1572, когда народ взбунтуется против грабежей, насилия и вседозволенности "царских защитников".
16 ноября 1581 навсегда останется датой овеяной мистическим ореолом. Мы знаем факт не стало старшего сына царя Иоана. Версия школьных учебников и картина Репина говорит нам прямо- Иван Грозный в порыве гнева ударил сына посохом в голову и тот умер.
Но современная версия учёных говорит о том, что Иван не убивал своего сына. А Иоан умер после продолжительной болезни.
Трагическая и загадочная смерть постигла и царевича Дмитрия в Угличе. Он умер во время игры в ножички. Никто до сих пор так и не может ответить на вопрос , напоролся ли он на нож сам, в припадке эпилепсии, или этот нож ему заботливо подложили враги царской династии.
Так в живых остался только Федор Иванович, который будет править под началом Бориса Годунова и на котором оборвется царский род Рюриковичей, правивший не один век.
Сам Иван Грозный умер 28 марта 1584 года. Существует предание, что за несколько месяцев до смерти он увидел в небе крест и комету и сказал приближенным, что это знак к его кончине. Вскоре Царь заболел и умер.