Смерть младшего брата глубоко отразилась на личности Мадары, который озлобился на Сенджу и, в частности, на Хашираму, так как у того всё ещё был брат. Он окончательно погрузился во тьму, став жертвой Никушими но Норои, предпочитая умереть в погоне за местью вместо того, чтобы забыть старые обиды или пойти на компромисс. Несмотря на мимолётное смирение, выражающееся в попытках заменить для себя Изуну одной общей семьей в лице Конохагакуре, он так и не смог подавить в себе чувство, что своими поступками предаёт память брата. Всё большая и большая изоляция Мадары и остальных членов клана Учиха от политического управления Конохой в конечном итоге окончательно закрепила его подозрение в угнетении, в результате чего он вознамерился разорвать оставшиеся приобретённые за годы жизни узы.
Во время своего пребывания в Конохе, он делал всё, что, по его мнению, происходило в интересах деревни. В отличие от мягкой политики Хаширамы, Мадара использовал бесцеремонные методы. Таким образом, он принуждал шиноби Ивагакуре подчиниться Конохе, заявляя, что только в этом случае между деревнями будет существовать мир. Из-за различия в методах воздействия, Мадара не хотел слышать имя Хаширамы во время дипломатических переговоров. После ухода из деревни, приоритеты Мадары сместились в сторону Тсуки но Ме Кейкаку, в связи с чем он начал манипулировать множеством других людей для воплощения своих идей и выстраивая несколько слоёв защитных мер, с помощью которых мог гарантировать, что никто из них не отклонится от его курса. Несмотря на это, Мадара искренне полагал, что этот план в самом деле принесёт пользу миру, отчего он руководствовался принципом, согласно которому «цель оправдывает средства».