В декабре 1998 года на внутреннем японском рынке в продаже появился Land Cruiser Cygnus — представительский внедорожник, представляющий собой модернизированный с учётом пожеланий покупателей престижных автомобилей Land Cruiser 100. От базового автомобиля версия Cygnus отличается иным оформлением передней части кузова (например, четырёхсекционной головной оптикой) и отделкой интерьера такими материалами как натуральная кожа и ореховое дерево, в штатную комплектацию Land Cruiser Cygnus входят, например, камера заднего вида и DVD-чейнджер.
Единственный доступный для автомобиля двигатель — 4,7-литровый 2UZ-FE мощностью 235 л.с., работающий в паре с автоматической коробкой переключения передач. В базовую комплектацию Toyota Land Cruiser Cygnus входит система автоматической регулировки гидроподвески TEMS (уровень жёсткости и высота дорожного просвета меняются либо автоматически в зависимости от режима движения, либо устанавливаются по требованию водителя). Максимальная высота клиренса внедорожника составляет 270 мм (на бездорожье), в обычном режиме — 220 мм.
В 2002 году внедорожник претерпел рестайлинг, замену автоматической коробки передач с четырёхступенчатой на пятиступенчатую. На российский рынок Toyota Land Cruiser Cygnus поставлялась как Lexus LX470.