Бухта Ванина появилась на российских картах в 1876 году, получив своё название от фамилии топографа, впервые её описавшего. Ранее бухта называлась Уй.
История создания порта насчитывает более 100 лет. Еще в 1895 году капитаном шхуны «Сторож» Ф.К. Геком по глазомерной съемке определены места для якорных стоянок и составлены планы бухты Ванина. В этом же году под руководством военного губернатора Приморской области П.Ф. Унтербергера был составлен план обороны экономического развития Приамурского края. Согласно данному документу, в бухте Ванина планировалось построить торговый порт.
С приходом советской власти планы по строительству порта стали воплощаться в жизнь. В августе 1939 года издан приказ о строительстве железной дороги Комсомольск - Советская Гавань. Конечным пунктом дороги временно установлена бухта Ванина.
Строительство дороги началось одновременно с двух сторон: с западного конца - Комсомольска-на-Амуре и с восточного - с бухты Ванина. Для обеспечения стройки материалами на начальном этапе планировалось построить три ряжевых морских причала. Строительство первого ряжа не было завершено, начавшаяся война нарушила планы мирного строительства. Была выполнена только отсыпка из камня длиною 70 метров в створе пирса №1.
В 1943 году Государственный комитет обороны СССР издал постановление о начале строительства порта в рамках строительства железнодорожной линии Комсомольск - Советская Гавань. Работы поручены Управлению строительства №500. Возобновили строительство порта августе 1943 года. Порт, железнодорожную станцию прилегающий участок железной дороги построило первое специализированное отделение Восточного исправительно-трудового лагеря, входившего в состав Строительства 500. Сами пирсы возвела колонна заключенных №104.
7 июля 1943 года Приказом начальника Дальневосточного управления морского пароходства В.Ф.Федорова №291 был организован портовый пункт Датта-Ванино.
Днем рождения Ванинского морского порта принято считать 18 октября 1943 года, когда было утверждено штатное расписание порт-пункта. Первым начальником порт-пункта назначен Ветренко Леонид Данилович. Общая численность работников составляла 92 человека. Погрузочно-разгрузочные работы выполняла специальная разгрузочная колонна, созданная из заключенных первого отделения Восточного ИТЛ.
До постройки пирса №1 выгрузка в порту велась при помощи кунгасов (деревянное беспалубное парусно-гребное судно с малой осадкой грузоподъемностью 350 тонн), барж и катеров. В декабре 1943 года, за 2 года до окончания строительства железной дороги, с судна, пришедшего из Владивостока, были выгружены первые 3 паровоза серии Ов («овечка») и 8 платформ для строящейся магистрали.
Порт принимал грузы и одновременно строился. Пирсы возводились в глубине бухты, напротив входа в нее.
Пирс №1 получил длину 250 метров, ширину 12 метров, причальную часть 124 метра, суточный грузооборот 1 300 тонн.