Компания «Щёлково Агрохим» образована в 1998 году на базе Щёлковского филиала ВНИИХСЗР и ОАО «Щёлковское предприятие Агрохим».
Но история предприятия корнями уходит в глубокое прошлое: завод был создан во второй половине XIX века в селе Соболево, позднее вошедшем в черту города Щёлково Богородского уезда Московской губернии, «Товариществом мануфактур», которое тогда возглавлял крупный фабрикант Людвиг Рабенек.
Это было небольшое красильное производство. На предприятии тогда действовали всего несколько простейших машин, а численность сотрудников едва превышала 30 человек. В отчёте о Всероссийской художественно-промышленной выставке 1882 года в Москве, участником которой был и фабрикант Рабенек, говорится: «Завод в Московской губернии Богородского уезда при селе Соболево основан в 1876 году и приготовляет ализарин (стойкий текстильный краситель) из антрахинона до 30 000 пудов и ализаринового масла до 800 000 пудов». В дальнейшем завод стал одним из градообразующих предприятий города Щёлково. Вместе с поселением росло и развивалось химическое производство.
Сегодня завод является одним из лидеров химической промышленности в СНГ. Здесь производят средства защиты растений, специальные удобрения, разрабатываются технологии выращивания передовых сортов и гибридов сельскохозяйственных культур. На предприятии трудится свыше тысячи человек, а представительства ОАО «Щёлково Агрохим» расположены не только в России, но и за рубежом.
В 2021 году исполнилось 55 лет со дня открытия на производстве отделения НИИ средств химической защиты растений. Защита агрокультур — одна из основных специализаций Щёлковского химического завода. Сегодня предприятие является основой экономики городского округа Щёлково и одним из самых социально ориентированных производств.