В Баку начались армянские погромы - огромная толпа, выкрикивая лозунги такие, как «Слава героям Сумгаита!», «Да здравствует Баку без армян!», собралась на митинг Народного Фронта на площади Ленина. Начались двухдневные погромы. Как и в Сумгаите, действия нападавших отличались изощренной жестокостью: район вокруг армянского квартала стал ареной массовых убийств, людей выбрасывали с балконов верхних этажей, толпы нападали на армян и забивали их до смерти. По разным оценкам убито до 300 человек.
С 13 по 19 января 1990 года в Баку был совершен масштабный погром армянского населения, ставший кульминацией геноцида армян в азербайджане в 1988-1990гг. После погромов в Сумгаите (26-29 февраля 1988г.) в Баку начались преследования, избиения, убийства с особой жестокостью, публичные глумления, погромы отдельных квартир, захват имущества, насильственные выселения и незаконные увольнения с работы армян.
К январю 1990-го года из 250-тысячной общины в Баку оставалось около 35-40 тысяч армян – главным образом люди с инвалидностью, пожилые и больные люди, а также ухаживавшие за ними родственники.
Точное число жертв геноцида армян в Баку до сих пор неизвестно – по разным данным, было убито от 150 до 400 человек, сотни искалечены. Погромы продолжались неделю при полном бездействии властей Азербайджана и СССР, внутренних войск и многочисленного Бакинского гарнизона Советской армии.
Те, кому удалось избежать гибели, подверглись насильственной депортации. Лишь 20 января 1990 года в Баку для установления порядка были введены советские войска.
Погромы армян в январе 1990 года были осуждены Европарламентом и Конгрессом США, но так и не получили правовой оценки, а понесенные потери не были компенсированы. По сей день к ответственности не были призваны организаторы и исполнители армянских погромов в Баку, которых продолжают прославлять как героев.