Его отец часто брал его и его брата Джоша в спелеологические экспедиции в Юте, когда они были детьми. Мальчики научились любить подземные глубины и их темную красоту.
К сожалению, первая экспедиция Джона в пещеру Натти-Патти, расположенную к юго-западу от озера Юта и примерно в 55 милях от Солт-Лейк-Сити, оказалась для него последней.
Его брат видел, как его ноги торчали из узкого прохода, где он оказался в ловушке, но они ничего не могли сделать, чтобы спасти его. Прибывшая спасательная команда работала не покладая рук, но безуспешно. Спустя более 24 часов у него произошла остановка сердца.
Через неделю после смерти Джона официальные лица навсегда закрыли пещеру Nutty Putty Cave.
Опасаясь новых смертей в результате такой операции, они так и не нашли его тело, которое остается внутри по сей день.
Пещера Натти-Патти теперь служит естественным мемориалом и кладбищем для Джона Эдварда Джонса.