Это древнейший и, вероятно, самый первый храм не только города Алатыря, но и всей Симбирской губернии. Собор был заложен царем Иоанном Грозным в 1552 году при походе на Казань. В том же году указом царя был утвержден город-крепость Алатырь. Здание собора было отстроено в дереве в 1553 году. При штурме города в 1670 одним из отрядов под командованием атамана Осипова, сподвижника Степана Разина, за оказанное сопротивление крепость и город были сожжены.
По приказанию царя Алексея Михайловича здание собора Усекновения главы Иоанна Предтечи было восстановлено в камне с красочным пятиглавием в Московском стиле по одним источникам в 1675 году, по другим в 1703 году присланными из Москвы мастерами каменного дела. Здание собора представляет собой однопрестольный, бесстолпный, пятиглавый храм.
Несколько севернее возведен соборный храм во имя Рождества Богородицы. Оба здания обнесены одной оградой. Службы стали совершать в Богородице-Рождественском летом (он был холодным), в Предтеченском — зимой.
Вплоть до 1929 года в соборе продолжались службы. После революции дважды проводилось изъятие церковных ценностей из собора — в 1918 и в 1921 годах. С 1929 года церковные службы были прекращены и собор закрылся. Илюшкина Анна Ильинична (1911 г.р.), жительница города Алатыря, вспоминает следующие события, связанные с закрытием храма: «Собор Иоанна Предтечи действовал до 1933 года. А потом из этого храма забрали и расстреляли последнего епископа Владимира (Юденича) и протоиерея Константина (Соловьева). Они жили под горой в небольшом доме у Романовых».
В 50-60 годы в здании собора размещалась база РайПотребСоюза. Вот как описывается состояние собора в городской газете «Ленинский путь» №145 от 1960 года: «В 50-ых годах красочное пятиглавие было снесено, кровельное железо снято на другие нужды. Соборная церковь XVII века покрыта деревянным тесом наподобие деревянных кузниц. Северная стена подвергается размыву, осыпается кирпич за кирпичом. Скоро архитектурный памятник, древнее которого нет и в бывшем губернском городе Симбирске, превратиться в жалкие руины».
В 1969-1970 гг. по инициативе креведов и Алатырского отделения Всеросийского общества по охране памятников истории и культуры при поддержке властей города и деятельном участии завода «Электроприбор» были начаты реставрационно-восстановительные работы, продолжавшиеся в три этапа. Изначально казалось, что восстановить полуразрушенное здание — это невыполнимая задача, однако по сохранившемся фотографиям городские умельцы сделали невозможное и инициатива многих энтузиастов увенчалась успехом.
В 1974 года здание было передано под краеведческий музей. В соответствии с распоряжением Совета Министров Чувашской Республики от 25 февраля 1974 года, собор Иоанна Предтечи в Алатыре 1703 года постройки принят под охрану государства как памятник архитектуры.
С 1995 года собор является памятником истории и культуры федерального значения. В 1999 году краеведческий музей был выведен из здания памятника. 4 февраля 2002 года совершилось малое освящение храма Усекновения главы Иоанна Предтечи, а в августе 2006 года храм был освящен полностью.
З.Ы. Иоанн Предтеча (Иоанн Креститель) — ближайший предшественник Иисуса Христа, предсказавший пришествие Мессии, жил в пустыне аскетом, проповедовал и совершал священные омовения/окунания для очищения от грехов и покаяния иудеев, которые впоследствии стали называться таинством крещения, омывал (крестил) в водах реки Иордан Иисуса Христа, совершив ритуальное погружение его в воды реки Иордан. Был обезглавлен по желанию иудейской царицы Иродиады, проводником её воли стала её дочь Саломея (Мф. 14:8, 9). Считается исторической фигурой.