Эта статья посвящена только основам работы с деревьями и признаками в TNT. Как я уже упомянула ранее, у этой программы много функций, эта статья посвящена только работе с программой, когда в ней подгружена морфологическая матрица, и с матрицей связано дерево (или деревья) (как подгружать деревья таким образом я объясняла здесь и здесь).
Сперва очень важно понимать, что при обилии функций, Mesquite не может развешивать признаки на деревья, как это делает Winclada. Поэтому для статьи все равно удобнее сохранять дерево из Winclada. И поэтому надо экспортировать дерево туда из Mesquite. В общем-то, все надо делать также, как я уже объясняла в статье про то, как экспортировать из Mesquite матрицу в Winclada.
В основном меню выбираем File, потом Export. Появляется окно, в котором выбираем Nona, Hennig86, PiWi, Winclada. Ну и сохраняем с разрешением .ss. В этом файле будут сохранены матрица и дерево, и этот файл сможет открыть Winclada. Она сначала выдаст предупреждение, но это не страшно, надо просто жать OK.
Что же позволяет делать с деревьями Mesquite? Чтобы это узнать, надо правой кнопкой мыши нажать на иконку Trees from... , которая появляется, когда вы присоединяете файл с деревом к матрице. Тогда появится выпадающее меню.
В нем надо выбрать View Trees. Тогда появится новая вкладка с деревьями (иди деревом, если оно у вас одно).
Вот так будет выглядеть дерево. Нажав на первую вкладку можно всегда вернуться к матрице и обратно. В меню справа есть окошко с номером дерева и стрелками, которые показывает вправо и влево. Нажимая их можно листать деревья.
Очень полезная функция - это просмотр распределения признаков по дереву. Для этого в меню над деревом надо выбрать Analysis:Tree, и в выпадающем меню надо выбрать Trace Character History.
В появившемся окне надо выбрать Parsomony Ancestral States.
Таксоны подсветятся в цвета состояний. А внизу появится окошко, где будет написан первые признак и его состояния, а также легенда, чтобы по цвету можно было определить, у какого таксона, какое состояние.
С помощью стрелок признаки можно листать. Такая функция есть в Winclada и TNT.
В меню Analysis:Tree есть также опция Values for Current Tree. Там довольно много всяких показателей, которые можно посмотреть. В частности, есть Consistency и Retention index, которые так легко считаются в Winclada, и так непросто в TNT.
Я нажала на Consistency Index for Matrix, и значение появилось в левом углу, обведенное голубым.
Оригинальная функция - это визуальное сравнение распределения двух признаков. Это важно, если вас интересует коэволюция двух признаков.
Для этого надо в меню над деревом выбрать Tree и в выпадающем меню выбрать Mirror Tree Window.
Появятся два дерево, которые зеркально отображают друг друга.
В меню над деревом надо выбрать Mirror, в выпадающем меню выбрать одну из сторон, в данном примере Left side, и в следующем меню выбрать, что вы хотите делать ( в этом примере Trace Character History, потому что сейчас сравниваем распределение признаков).
Опять выбрать Parsimony ancestral states. Тоже самое сделать для правой стороны.
И теперь можно листать признаки с двух сторон и их сравнивать.
Я коснусь еще двух функций. Первая - переукоренение. Нужно нажать кнопочку в левом меню, обведенную красным на следующей картинке.
И потом подвести курсор к любому таксону и нажать на него. Дерево будет переукоренено на этот таксон.
И консенсусное дерево. Для этого надо в основном меню выбрать Taxa & Trees, и в выпадающем меню Make New Trees Block from, и потом выбрать Consensus tree.
И тут начинается что-то странное, почему-то консенсусное дерево превращается в целую историю.
Сначала вас спросят, из каких деревьях делать согласование.
Поскольку надо делать его из тех деревьев, что уже подгружены, то нажимаем на первую опцию Store Trees.
Потом спросят, а какое именно нужно согласование. Тут я выбирают strict consensus.
Далее совсем уже не понятно, спрашивают, надо укоренять или нет. Жмем просто ок, укоренить можно в любой момент самим, если что.
Затем спрашивают, в какой файл записывать блок с согласованным деревом (в мытрицу или дерево), тут уже совсем без разницы, выбирайте, как решите сами.
Ну и совсем уже непонятное предупреждение. Просто жмем Ок.
Еще один непонятный вопрос о том, какой блок с деревьями использовать. Жмем на верхний, потому что строить согласование из одного дерева, которое показано прямо сейчас (current tree), это уж совсем странно.
И последний непонятный вопрос о том, хочу ли я увидеть это дерево. Просто жмем Yes.
Строго согласованное дерево наконец-то построено и выведено в отдельную вкладку.
То, что написано в этой статье - это самые основные вещи. Однако если вы просто строите филогению и хотите проанализировать, как распределяются признаки, то этого достаточно. О некоторых других функциях я, возможно, напишу отдельно, если они мне самой пригодятся. Желающих углубиться в изучение Mesquite отправляю к сайту производителей.