Бай-Тайгинский кожуун известен своими радоновыми аржаанами, озерами, и, конечно же, своей разнообразной таежной зоной. Со всех сторон ограждена высокими горами.
Бай-Тайгинский кожуун находится на западе республики. Граничит: на севере- с Республикой Хакасия, на западе- с Республикой Алтай, на юге- с Монгун-Тагинским кожууном,на востоке- с Барун-Хемчиским кожууном. Площадь территории — 7,9 тыс. км².
Кожуун находится на территории горного массива Бай-Тайга. В Бай-Тайгинском кожууне находится кластерный участок «Кара-Хол» государственного биосферного заповедника "Убсунурская котловина".
Бай-Тайгинский кожуун приравнен к районам Крайнего севера.
