Сергей Прокофьевич Лисин родился в семье рабочего 13 (26) июля 1909 года в Саратове. Там же окончил школу 1-й ступени - 5 классов. Трудовую деятельность начал в 1926 году на предприятиях городов Саратова и Сталинграда. С сентября 1930 года по октябрь 1931-го Сергей Лисин на комсомольской работе: секретарь комитета ВЛКСМ на Сталинградской ГЭС, завотделом Сталинградского горкома, заместителем завотделом Нижне-Волжского крайкома комсомола. В 1931 году избирался делегатом IX съезда ВЛКСМ.
В рядах Военно-Морского флота по комсомольской путевке с 1931 года. В 1936 году окончил Военно-морское училище имени М.В. Фрунзе. Служил штурманом на подводных лодках Краснознамённого Балтийского («Щ-313», с мая 1936 по июнь 1937 года) и Северного флотов («Щ-401», с июня по ноябрь 1937 года). Затем учился на командном отделе Учебного отряда подводного плавания имени С.М. Кирова, который окончил в 1938 году.
С мая по октябрь 1938 года принимал участие в гражданской войне в Испании на стороне республиканцев. В должности старшего помощника командира на испанских подводных лодках «С-4» и «С-2» боевых действиях республиканского флота против фашистских ВМС в Испании.
После возвращения из Испании в ноябре 1938 года назначен командиром подводной лодки «С-7», строящейся в то время в городе Горьком на заводе № 112 «Красное Сормово». После постройки лодка прибыла на Балтику и 23 июля 1940 года зачислена в состав Балтийского флота.
Во время Великой Отечественной войны продолжал командовать подводной лодкой «С-7». Рассвет 22 июня 1941 года корабль встретил в море, выполняя задачу по несению дозорной службы. 23 июня лодку атаковали два немецких торпедных катера, но мастерство командира спасло корабль - одна из торпед прошла в нескольких метрах от лодки. К сентябрю 1942 года С.П. Лисиным было совершено 4 боевых похода, произведено 9 торпедных атак (выпущено 12 торпед) и потоплено 4 транспорта (два финских и два шведских), ещё 2 транспорта были повреждены, взяты в плен капитан и матрос одного из потопленных финских судов. В одном из этих походов впервые произвёл обстрел из 100-мм орудия железнодорожной станции и завода на захваченной врагом территории (в городе Нарва). За боевые заслуги весь экипаж был отмечен правительственными наградами, а командир представлен к званию Героя Советского Союза.
Звание «Героя Советского Союза» капитану 3-го ранга Лисину Сергею Прокофьевичу присвоено Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 октября 1942 года. Но высшие награды Родины Герой получил лишь через три года...
21 октября 1942 года, во время подзарядки аккумуляторной батареи, «С-7» была торпедирована финской подводной лодкой «Весихииси» и затонула. В живых остались лишь члены экипажа, находившиеся в момент взрыва на мостике, в том числе и командир. В течение двух лет С.П. Лисин находился в плену и только в октябре 1944 года, после выхода Финляндии из войны его отправили в Выборг. Произошло это ровно два года спустя после гибели лодки, а уже через пять дней он находился в Подольске на так называемой госпроверке, которая длилась почти два месяца.
В январе 1945 года Сергей Лисин был направлен на Тихоокеанский флот, где в июле этого года получил орден Ленина и «Золотую Звезду» (№7123) Героя Советского Союза. Затем два года Сергей Прокофьевич служил в Порт-Артуре, а с декабря 1947 года по март 1948 являлся заместителем начальника 3-го отделения отдела боевой подготовки 5-го ВМФ СССР на Тихом океане. С апреля 1948 по сентябрь 1970 года С.П. Лисин находился на преподавательской работе: в Высших специальных офицерских классах подводного плавания и противолодочной обороны КУОПП имени С.М. Кирова и в Ленинградском высшем инженерном морском училище имени адмирала С.О. Макарова.
С сентября 1970 года капитан 1-го ранга С.П. Лисин - в отставке, но продолжал трудовую деятельность в том же училище - ЛВИМУ им. адм. С.О. Макарова, читал курс лекций по морской истории. Вёл активную общественную работу, являясь ответственным секретарём Ленинградской секции Советского комитета ветеранов войны.
Скончался 5 января 1992 года. Похоронен на Серафимовском кладбище (2-й вязовый участок) Санкт-Петербурга.