Последовательность очень похожа на ту, что описана в предыдущей статьей, про открытие деревьев из PAUP в Mesquite. Главная разница в том, что Mequite воспринимает формат записи PAUP как свой, а из TNT и Winclada он попросить импортировать деревья.
Как сохранять деревья из TNT, я уже рассказывала ранее, смотрите здесь. Нужно все сделать так, как описано там, выбрав формат Open, Parenthetical.
Вот так лаконично выглядит .tre файл в исполнении TNT.
Дерево записывается только с помощью чисел. Каждый таксон зашифрован числом, которое соответствует его порядку в матрице. По этой причине при привязке дерева к матрице в Mesquite нельзя менять порядка таксонов в матрице. Если вы его поменяете, то таксоны в дереве встанут не на свои места.
В моем случае тут одно дерево, но их может быть больше, в зависимости от результата вашего анализа.
Далее в Mesquite надо открыть либо оригинальную матрицу, которую вы делали в этой программе и сохранили как .nex. Либо можно открыть матрицу, с которой вы работали в TNT в формате .tnt. И то, и то должно работать. Как экспортировать матрицу из Mesquite в разные формате, смотрите здесь.
Давайте посмотрим, что происходит, когда в Mesquite открывается матрица в формате .tnt. Открываем Mesquite. Нажимаем File - Open File. Выбираем матрицу в формате .tnt. Mesquite нас спрашивает, в какой программе этот файл был сделан. Разумеется, надо прокрутить список, и найти TNT.
Когда нажмете OK, Mesquite попросит сохранить файл отдельно уже в формате .nex. После этого матрица откроется корректно. После этого можно открывать дерево через Taxa & Trees - Import File with Trees - Link Content (описано со скриншотами в предыдущей статье).
После того, как вы выберете файл с деревом, Mesquite опять попросит вас выбрать программу, которая создала этот файл. И опять надо выбрать TNT.
После этого Mesquite опять попросит вас сохранить файл с новым именем, в котором уже будет матрица с привязанными к ней деревьями (или одним деревом). И после этого дерево будет привязано к матрице.
Теперь давайте сравним с тем, что происходит в Winclada при сохранении дерева.
Как сохранять деревья я уже объясняла в другой статье. В Winlclada можно сохранить все деревья или текущее дерево. Это очень удобно, потому что вы можете так же сохранить и консенсусное дерево.
Для сохранение дерева или деревьев вы жмете на Trees, потом в Save All trees to file или Save current tree to file, в зависимости от ваших целей. Затем откроется окно, в котором вы можете выбрать куда сохранить файл и с каким названием. После этого программа предложит 4 опции.
Нужно выбрать формат Name taxa (full names, NOT NONA readable). Тогда все таксоны сохранятся со своими полными именами, которые будут совпадать с теми, что в матрице. Вот так выглядит этот файл.
В Mesquite опять надо будет открыть матрицу, либо оригинальную либо для Winclada, в последнем случае опять программа запросит указать, из какой программы надо конвертировать матрицу и надо указать Nona, Hennig86, PiWe, Winclada. Дерево надо привязывать также, как я уже объясняла для PAUP, опять Mesquite спросит, из формата какой программы надо конвертировать дерево, и опять надо выбрать Nona, Hennig86, PiWe, Winclada.