Однажды руководство Ямала решило осуществить свой, пожалуй, самый смелый замысел — сделать округ республикой, выйти из-под «гнёта» Тюмени и стать самостоятельным субъектом новой страны.
В августе 1990 года Борис Ельцин, бывший тогда председателем Верховного Совета РСФСР, во время своего визита в Уфу произнёс ставшую знаменитой фразу: «вы возьмите ту долю власти, которую сами можете проглотить». Своё обращение он адресовал башкирскому народу, но как сигнал к действию его восприняли народы других национальных автономий.
16 октября 1990 года на сессии народных депутатов ЯНАО была провозглашена Ямало-Ненецкая Республика в составе РСФСР и утверждена декларация о её государственном суверенитете. Принятый документ предполагал равноправие всех народов, решение запущенных экологических и национальных проблем, создание территорий приоритетного природопользования, своей Конституции, двухпалатного Совета народных депутатов, национальных районов и посёлков.
Как отмечал в своём интервью газете «Северный луч» заместитель главы Администрации округа Сергей Харючи, решение 1990 года было «логическим завершением того вопроса, который поднимался коренными жителями нашего округа в течение всех семидесяти лет Советской власти». Создать свою автономию ещё в 1922 году предлагала делегация Ямала на первой конференции племён Полярного Севера. Но тогда в планировавшейся ими Полярной Федерации не было ни грамотных кадров, ни соответствующих экономических и иных ресурсов.
Объявление суверенитета вызвало неоднозначную реакцию у ямальцев и не нашло одобрение у руководства Тюменской области, в которую округ входил. Председатель Тюменского облсовета Юрий Шафраник назвал решение ямальских коллег «тупиковым, не решающим накопившихся проблем». Всеми силами Тюмень пыталась сохранить своё влияние и контроль, в первую очередь, над нефтегазовой инфраструктурой Ямала.
Только Верховный Совет РСФСР мог разрешить этот вопрос. В мае 1991 года представители народных депутатов Ямала даже намеревались призвать высшее руководство страны решить наконец вопрос с государственным статусом Республики, но решение так и осталось без внимания, хотя в некоторых федеральных нормативных актах Ямало-Ненецкая Республика уже фигурировала.
31 марта 1992 года Тюменская область, Ямало-Ненецкий и Ханты-Мансийский автономные округа раздельно подписали Федеративный договор, согласно которому все три территории стали полноправными субъектами Российской Федерации. К этому времени ямальские власти смогли добиться формирования самостоятельного бюджета. В округе были созданы практически все территориальные структуры федеральных органов власти – прокуратура, арбитражный суд, таможенное управление, налоговые службы и так далее. Окончательно статус Ямало-Ненецкого автономного округа, а не Республики, закрепила Конституция России, принятая в декабре 1993 года.