Храм в селе Ильинское Красногорского района был построен в 1732-1735 гг. в усадьбе Василия Ивановича Стрешнева. В первой половине XIX века Ильинское принадлежало графу А. И. Остерману-Толстому. При нем к Ильинской церкви были пристроены колокольня, приделы мученика Феодора и апостола Иоанна Богослова. В 1864 году Ильинское стало царским подмосковным имением. С 1884 по 1908 гг. в усадьбе жила преподобномученица Елизавета Феодоровна.
В приходных книгах Патриаршего казенного приказа 1618 года находится одно из первых упоминаний дворцового села Ильинского. В 1634 году оно было пожаловано боярину Василию Ивановичу Стрешневу, а после его кончины принадлежало наследникам: Семену Лукьяновичу и Родиону Матвеевичу Стрешневым. В тот период в селе существовали две деревянные церкви: Ильинская и Васильевская.
В документах 1666 г. обе церкви описывались так:
Церковь Василия Кесарийского древяна клецки, верх шатровый, а в церкви пять образов местных не окладных… Другая церковь святого пророка Илии древяна, клецки, а в церкви шесть образов местных… да на колокольне шесть колоколов больших и меньших и средних, а то все строенье прежних вотчиннико».
В начале XVIII в. в селе Ильинском значилась уже только одна церковь Илии пророка. Вероятно, Васильевская церковь была построена после 1646 г., а в период 1687-1704 гг. была разобрана. Летописец села Ильинского М. П. Степанов предполагал, что вторую церковь построил еще боярин Василий Иванович Стрешнев в честь своего небесного покровителя – святителя Василия Великого.
В конце села Ильинского у берега реки Москвы стоял увенчанный крестом кирпичный столб-памятник, отмечавшим место бывшей Васильевской церкви. Рядом со столбом когда-то находилось и старое сельское кладбище. О нем свидетельствовало одно уцелевшее надгробие. Говорили, что каждый год во время разлива реки в этом месте на берег вымывались человеческие кости. В Ильинском до революции даже существовала своеобразная традиция в день великомученика Георгия Победоносца вновь предавать кости земле, а у столба служили панихиду.
Церковные власти в 1732 году дали разрешение Василию Ивановичу Стрешневу (младшему) разобрать деревянную Ильинскую церковь и на ее месте возвести новый каменный храм. В том же году основная часть работ, видимо, была уже закончена, о чем свидетельствует до сих пор сохранившаяся высеченная на фризе храма дата. Но по какой-то причине Ильинская церковь была освящена только через восемь лет в 1740 году. Церковь была выполнена в стиле барокко, следуя традиционной композиции "восьмерик на четверике".
Неизвестный зодчий применил в строительстве Ильинской церкви новые для того времени декоративные приемы, заимствованные у европейских мастеров. Советские искусствоведы впоследствии утверждали, что Ильинский храм не имел аналогов в московском зодчестве первой трети XVIII века. Близкой по архитектуре называли лишь более позднюю церковь Параскевы Пятницы в Москве на Пятницкой улице.
Архитектура храма предвосхитила некоторые приемы знаменитого зодчего Василия Баженова. Например, сочетание кирпича и белокаменных деталей. Из белого камня были выполнены карниз четверика, капители, фриз и наличники окон. Правда, это сочетание кирпича и камня сегодня не заметно, так как стены церкви оштукатурены и покрашены.
И. Э. Грабарь в "Истории русского искусства" предполагал, что зодчим церкви в Ильинском мог быть Алексей Петрович Евлашев. Эта подмосковная церковь отмечала важную веху в его творческом пути:
Каким подлинным мастером он стал вскоре по приезде в Москву, показывает уже первое его крупное произведение в камне. В домичуринском московском зодчестве оно стоит особняком по архитектурному образу, изысканному убранству, новизне приемов, самобытности, по полной независимости от искусства Растрелли. Произведение это – церковь в дворцовом селе Ильинском под Звенигородом.
В начале XIX века Ильинская церковь была выкрашена в зеленый цвет, крыша покрыта железом. Среди чтимых икон отмечались образы Смоленской Божией Матери, Спаса Нерукотворного и трех избранных святых: святителя Василия Великого, апостола Петра и святителя Николая Чудотворца. Вероятно, последняя икона была написана в честь небесных покровителей братьев Стрешневых: Николая, Василия и Петра.
В 1818 году владельцем Ильинского стал граф А. И. Остерман-Толстой – герой сражения под Кульмом, в котором лишился левой руки. В облике усадебной церкви при новом владельце произошли изменения. В 1818-1821 годы по сторонам старой церкви были поставлены два придельных храма в честь мученика Феодора Пергийского и апостола Иоанна Богослова. Таким образом, Остерман-Толстой хотел почтить память двух братьев своей бабки – Федора и Ивана Андреевичей Остерманов, от которых он унаследовал графский титул.
В 1828 году к Ильинской церкви была пристроена ампирная колокольня. По преданию, Остерман-Толстой отлил большой колокол для Ильинской церкви из четырех боевых пушек, которые до этого лежали перед графским домом.
В 1857 году граф Остерман скончался, а уже через шесть лет Ильинское приобрел император Александр II для своей болезненной супруги императрицы Марии Александровны. В период владения имением царскими особами в Ильинской церкви был сделан ремонт. Кроме того, императрица Мария Александровна обновила ризницу новыми облачениями и покровами на престол и жертвенник. До революции в алтаре Ильинской церкви хранился дар императрицы – вышитая золотом и серебром икона небесных покровителей царской четы: святого князя Александра Невского и Марии Магдалины.
Александр III в 1882 году передал подмосковные имения покойных родителей Ильинское и соседнее Усово в собственность брата великого князя Сергея Александровича. В 1891 году он стал московским генерал-губернатором. Великий князь и его супруга Елизавета Феодоровна на протяжении почти двух десятков лет проводили лето в Ильинском и соседнем Усово вместе с племянниками Марией и Дмитрием Павловичами.
Главный дом в усадьбе Ильинское сгорел в 1917 году, а затем один за другим исчезли и другие постройки. Вот как описывал искусствовед А. Н. Греч запустение бывшего великокняжеского имения и разрушение павильонов-домиков с причудливыми именами:
Библиотеку вывезли. Один за другим погибли в пламени и "Приют для приятелей", и "Миловид", и "Кинь грусть". Рухнула березовая беседка, кем-то никчемно разбит был грот…
В советские годы Ильинский храм закрыли, но не разрушили. Восстановленный храм в наши дни стал местом паломничества почитателей великой княгини Елизаветы Феодоровны, которая после трагической кончины супруга вела иноческий образ жизни, остаток дней посвятила подвигу милосердия, а в 1918 году приняла мученическую кончину.
