Про то, как запускать анализ в PAUP, я написала до этого (часть 1 и часть 2). Стандартный функционал PAUP позволяет считать только статистические поддержки, то есть Bootrstrap и Jackknife. Их можно запустить, сначала загрузив матрицу (смотри предыдущую статью), а потом выбрав в основном меню Analysis, и в выпадающем меню Bootstrap/Jackknife.
Появится вот такое окно.
Тут можно выбрать, тип поддержек. Начну с Bootstrap и оставлю галку на этом типе. Также поставлю галку на Resample, автоматические количество признаков, которые будут копироваться - 66 (то есть все), это нужно оставить так. В типе анализа поставим эвристические методы, но можно и branch-and-bound на небольших матрицах. Количество репликаций лучше ставить 10000. Ну и можно задать величину поддержки, меньше которой ветви не будут показываться (Consensus tree options). В данном случае я оставлю 50%, потому что поддержки менее чем 50% за поддержки не считаются. Жмем "Continue".
Далее идут настройки поиска, такие же, как были описаны в предыдущей статье. Тут важно увеличить количество репликаций хотя бы до 1000. Все остальное можно оставить как есть.
Жмем Ок. Появляется окно с прогрессом анализа. В этот раз он будет дольше, потому что программе надо проанализировать 10000 раз по 1000 репликаций. Можно смело оставлять на ночь, а то и на пару-тройку дней.
Тут я для скорости поставила 100 бутстрапов и 10 репликаций поиска для каждого (считался минут 7-10). Это результат.
Теперь посмотрим, что получается в Jackknife с идентичными настройками, этот анализ почему-то шел 4-5 часов. Почему Jacknife считается насколько дольше Bootstrap, мне не понятно.
Результаты похожие. Однако надо учитывать, что настройки были недостаточными для того, чтобы можно было бы судить о том, насколько результаты реальны. Чем меньше итерацией bootstrap и jackknife, а также количества репликаций в каждом анализе, тем больше поддержки будут зависеть от случайности.
В PAUP также можно сохранить деревья. Для этого в главном меню надо выбрать Trees, и в выпадающем меню Save Trees to File.
Появится окно, в котором вы сможете выбрать папку для сохранения и изменить название файла с форматом .tre. Обратите внимание, что можно сохранить деревья в разных форматах, это может пригодиться для того, чтобы загружать деревья в другие программы.
Для того, чтобы открыть эти деревья, надо сначала открыть матрицу. А потом опять в меню выбрать Trees и потом Get Trees from File.
Программа сообщит количество деревьев, которое было в файле.
Если вы хотите сохранить деревья, то опять надо в основном меню выбрать Trees, и потом Print/View Trees или Print/View Consensus Trees. Поскольку я сохраняю только согласованные деревья, я выбираю вторую опцию.
У вас появится такое вот окно, в котором дерево можно переукоренить или как-то еще изменить с помощью настроек слева. А справа можно сохранить файл либо в pdf, либо в формате .emf для последующей обработки в графическом редакторе либо распечатать.
