Летом 1922 года при поддержке советской власти был организован обновленческий раскол, ставший во враждебные отношения к Русской Православной Церкви и призванный ее разрушить. Правящий архиерей Тверской епархии архиепископ Серафим (Александров) был арестован, и епископу Петру (Звереву) пришлось встать во главе епархии. Все православное духовенство тогда потянулось к нему. Священник Алексей Бенеманский стал одним из ближайших помощников епископа. Осенью 1922 года был арестован епископ Петр (Зверев) и ближайшие его помощники. Властям становилось все очевидней, что без активного вмешательства государства в церковную жизнь, без ареста православного архиерея и верных ему священников обновленчество в Тверской епархии обречено. Осенью 1922 года ГПУ арестовало епископа Петра и ближайших его помощников. Священник Алексей Бенеманский был приговорён к двум годам ссылки в Туркестан. В начале апреля 1923 года этап, с которым был отправлен о. Алексей,
прибыл в Самарканд, откуда он писал жене и детям,