Священномученик Иоанн родился в 1875 г. с Кузнецком уезде Саратовской губернии в семье пономаря Михаила Днепровского, учился в семинарии, затем преподавал в церковно-приходской школе.
В 1898 г. Иван Михайлович женился на дочери священника Александре Аткарской, в семье родились дочь и три сына. Затем было диаконское рукоположение, служение в Вольском уезде и преподавание. В 1911 г. отец Иоанн был рукоположен во священника, служил в селе Полчаниновка Вязовской волости Саратовского уезда.
Осенью 1919 г. пастырь был арестован. Обвинение было абсурдным - хранение бомб под престолом. По-видимому, даже сотрудники ЧК поняли, что обвинение абсолютно несерьезно и через 18 суток отпустили священника. Он продолжил служение, которое завершилось в 1929 г. Пришедший к власти Сталин развернул страшные гонения на Церковь. Был закрыт и храм, где служил отец Иоанн. Пастырь после этого перешел на тайное служение.
На окраине города семья купила небольшой деревянный дом. В нем 4 года спустя во время голода умерла супруга отца Иоанна. Сам он устроился работать наблюдателем на метеорологическую станцию, через некоторое время переселился в город Новоузенск, где проживал в доме монахини Акилины (Шилиной).
Новая беда пришла во время Большого террора 1937 - 1938 гг., преследовавшего цель уничтожение «классово чуждых», в том числе и духовенства.
8 декабря пастырь был арестован - властям стало известно, что он высказывался против закрытия церквей и преследования верующих. При обыске у священника был обнаружен только паспорт; ни вещей, ни ценностей он не имел.
Обвинения в контрреволюционных действиях и клевете на Конституцию святой отверг. На вопрос о гонениях отец Иоанн ответил утвердительно:
— Да, это я действительно говорил, что все храмы советская власть уничтожила и что священство невинно все сослано, других разговоров я совершенно не вел.
«Следствие» было проведено за один день. 10 декабря тройка УНКВД по Саратовской области приговорила священномученика Иоанна к расстрелу.
Отец Иоанн был расстрелян 15 декабря 1937 г. в Саратове, место захоронения осталось неизвестным.
В 1961 г., когда власть стала открывать правду о сталинских зверствах, сын святого, Николай Иванович, обратился в МВД с просьбой о реабилитации своего отца. Выяснилось, что следствие было проведено с грубейшими нарушениями. 29 октября 1961 г. священник Иоанн был реабилитирован. Однако детям о его судьбе так и не сообщили. Правду они узнали лишь после крушения коммунистической власти в 1991 году.